当员工不承认劳动关系时，作为用人单位，你可以采取以下措施来维护自身权益并确立劳动关系的存在：

1. 全面收集并保留关键证据：

   • 劳动合同：这是最直接证明劳动关系的文件，务必妥善保存。若员工否认劳动关系，劳动合同将成为最有力的反驳证据。
   • 工资支付凭证：包括工资条、银行工资流水等，这些记录能显示你单位向员工支付报酬的情况，是证明劳动关系的重要证据。
   • 工作证件与考勤记录：如工作证、服务证、打卡记录等，这些能证明员工的身份及出勤情况，进一步佐证劳动关系的存在。
   • 其他劳动者证言与书面材料：同事的证人证言，以及工作安排邮件、任务完成记录、工作相关文件签字等，都能从侧面证明劳动关系。
   • 社保缴纳记录：到社保部门查询打印员工的社保缴纳记录，这也是劳动关系存在的重要佐证。
   • 其他相关证据：如与员工的邮件或短信往来、录音证据等，均可作为补充证明。

2. 尝试与员工进行友好协商：

   • 在收集到一定证据后，你可以尝试与员工进行友好协商，表明你单位有充分证据证明劳动关系，并提出合理的解决方案，如补签劳动合同、支付拖欠工资等。
   • 协商过程中保持冷静和理智，寻求双方都能接受的解决方案，避免矛盾升级。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉员工否认劳动关系的行为。
   • 提交身份证复印件、证据材料及投诉申请书，详细说明投诉事项、事实和理由。劳动监察部门将调查核实，并可能责令员工改正其否认劳动关系的行为（若其确实存在误导或欺诈行为）。不过，这一步更多是对员工行为的监督，对于确立劳动关系本身，劳动仲裁或诉讼可能更为直接有效。

4. 申请劳动仲裁：

   • 在收集足够证据后，你可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认劳动关系。
   • 仲裁流程：
     1. 提交申请：填写仲裁申请书，详述申请事项、事实和理由，并附上相关证据。
     2. 受理审查：仲裁委员会审查申请，符合受理条件的予以受理，并通知双方。
     3. 开庭审理：双方到庭参加庭审，进行举证、质证，仲裁员审理调查。
     4. 作出裁决：仲裁庭根据事实和法律规定作出裁决，出具仲裁裁决书，确认劳动关系是否存在。

5. 提起诉讼：

   • 若对仲裁结果不满或员工不履行裁决，你可以在规定时间内向法院提起诉讼，要求法院确认劳动关系并判决员工承担相应的法律责任（如因否认劳动关系给你单位造成的损失等）。
   • 诉讼流程包括立案、审理、判决等，法院将依据证据和庭审情况作出判决。

6. 注意时效问题：

   • 劳动仲裁的时效为一年，从你知道或应当知道员工否认劳动关系之日起计算。务必在时效期内采取行动，以免丧失维权权利。

在处理此类纠纷时，建议你保持冷静和理智，按照上述步骤逐步推进。同时，确保你收集的证据完整、有序，以便在仲裁或诉讼过程中充分展示你的主张。如果你在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律建议和支持。