公司以员工是承包人的员工为由否认劳动关系，这种做法并不一定合法，关键在于是否满足劳动关系的认定条件。以下从多个角度为你详细分析：

劳动关系认定的核心要素

根据原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），劳动关系成立需同时满足以下三个条件：

1. 主体资格：用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格。
2. 管理关系：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。
3. 业务组成：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

举例说明：如果员工虽然名义上是承包人的员工，但实际上接受公司的直接管理，遵守公司的规章制度，从事公司安排的工作，并由公司支付报酬，那么该员工与公司之间很可能存在劳动关系。

内部承包与劳动关系的竞合

内部承包是指企业作为发包方与其内部职能部门、分支机构或职工之间为完成一定经济指标，就特定的生产资料及相关的经营管理权达成的协议。内部承包有几个特征：

1. 承包人是企业的员工，双方存在管理与被管理的关系。
2. 承包方遵守企业的规章制度。
3. 承包人承包经营的资产为企业所有。
4. 承包人独立核算，自负盈亏。

法律分析：在内部承包关系中，存在劳动关系与承包关系的竞合。企业不能以承包关系代替劳动关系，如不能认为劳动者已签承包合同就可以不签劳动合同，否则仍存在事实劳动关系的风险。因此，即使员工是承包人，如果同时满足劳动关系的认定条件，公司也不能否认与员工之间的劳动关系。

业务外包与劳务派遣的区分

实践中，有些公司可能会以业务外包或劳务派遣的名义来规避劳动关系，但这两者与真正的劳动关系有本质区别。

1. 业务外包：是指用人单位将其部分业务外包给具有相应资质的承包单位，接收工作成果并支付外包费用。外包单位对承包单位在完成该业务时的用工管理等概不负责。
2. 劳务派遣：劳务派遣单位仅为被派遣劳动者的劳动关系归属单位，并非劳动用工管理单位，而是由用工单位对其进行用工管理。

区分要点：

• 劳动用工管理的负责单位。
• 劳动场所及所需设备设施的提供单位。
• 外包业务是否属于相对独立、可分离业务。
• 外包协议内关于岗位安排、所需员工人数安排及服务费计算方式等。

法律后果：如果公司以业务外包或劳务派遣的名义，但实际上对员工进行直接管理，那么这种行为可能被认定为事实劳动关系，公司不能因此否认与员工之间的劳动关系。

应对建议

1. 收集证据：员工应收集能够证明与公司存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
2. 申请仲裁：如果公司否认劳动关系，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认劳动关系。
3. 咨询律师：在仲裁或诉讼过程中，员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。

总结：公司以员工是承包人的员工为由否认劳动关系，并不一定合法。关键在于是否满足劳动关系的认定条件。如果员工与公司之间存在管理与被管理的关系，遵守公司的规章制度，从事公司安排的工作，并由公司支付报酬，那么该员工与公司之间很可能存在劳动关系。如果遇到此类问题，建议员工及时收集证据并申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。