当被告（用人单位）不承认劳动关系时，劳动者可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：
- 收集并保留关键证据
证明劳动关系的存在是维权的关键。劳动者应尽可能多地收集以下类型的证据：
书面证据：
- 劳动合同：这是最直接且有力的证明劳动关系的文件。如果已签订，应妥善保存；若未签订，应尝试要求用人单位补签或保留其他相关证据。
- 工资支付凭证：如银行工资流水明细、工资条等，这些记录显示了用人单位向劳动者支付报酬的情况。
- 社保缴费记录：社保缴费记录是证明劳动关系存在的重要佐证，可以到社保部门查询打印。
- 工作证、服务证：这些证件上通常包含劳动者的个人信息和工作单位信息，是证明劳动关系的有力证据。
- 入职登记表、考勤记录：这些记录反映了劳动者的入职情况和出勤情况，有助于证明劳动关系的存在。
- 派工单：如果劳动者被派遣执行特定工作任务，派工单也是证明劳动关系的重要证据。
电子证据：
- 电子邮件：涉及工作安排、工资待遇等方面的邮件往来，可以证明劳动者与用人单位之间的劳动关系。
- 工作群聊天记录：包含工作内容、要求等信息的群聊记录，同样可以作为证明劳动关系的证据。
- 短信记录：用人单位发送的工作通知、工资信息等短信记录，也是证明劳动关系的有力证据。
证人证言：
- 同事证言：选择无利害关系且能真实反映情况的同事作证，他们的证言可以证明劳动者与用人单位之间的劳动关系。
- 客户证言：如果劳动者的工作涉及与客户直接接触，客户的证言也有一定的证明力。
其他证据：
- 录音录像：在与用人单位沟通时进行的合法录音录像，可以记录下双方关于劳动关系的讨论和确认。
- 劳动成果：如设计图纸、工作报告、销售业绩等，这些成果可以间接证明劳动者为用人单位提供了劳动。
- 工装：带有公司名称的工装也是辅助证明劳动关系的证据之一。
- 个人所得税完税证明：前往地方税务局打印并加盖公章的证明，可以显示劳动者从用人单位获得的收入情况。
- 申请劳动仲裁
在收集到足够证据后，劳动者可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。申请仲裁时，需要准备以下材料：
- 仲裁申请书：写明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实和理由。
- 证据材料：整理好收集到的证据，并按要求进行编号和标注。
- 其他材料：如身份证明、用人单位的工商登记信息等。
提交申请后，等待仲裁委员会审查，并在规定期限内决定是否受理。如果受理，劳动者需要参与仲裁庭审，陈述事实和理由，接受询问和质证，并进行辩论和最后陈述。
- 提起诉讼
如果对仲裁结果不满意或用人单位不履行裁决，劳动者可以在规定时间内向法院提起诉讼。诉讼流程包括立案、审理、判决等阶段，法院将依据证据和庭审情况作出判决。在诉讼过程中，劳动者需要继续提供证据支持自己的主张，并积极参与庭审活动。
注意时效问题
- 劳动仲裁时效：一般为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现用人单位不承认劳动关系后，应尽快采取行动，以免超过时效期限而丧失维权权利。
- 时效中断：如果存在特殊情况导致时效中断（如向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济等），则时效期间重新计算。劳动者应了解并利用这些规定来保护自己的权益。
总结与建议：
面对用人单位不承认劳动关系的情况，劳动者应保持冷静并积极采取行动。首先，要全面收集证据以证明劳动关系的存在；其次，要及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或通过诉讼途径来维护自己的权益；最后，要注意时效问题并确保在规定的期限内采取行动。在整个过程中，如果劳动者遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律支持和建议。