针对员工未按公司规定办理离职的情况，公司应当采取一系列合法、合规且人性化的处理措施，以确保双方权益得到妥善保障。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：
一、初步沟通与了解情况
主动联系员工：公司应首先通过电话、短信、电子邮件等多种渠道尝试与员工取得联系，了解其未办理离职手续的具体原因。这一步骤至关重要，有助于公司理解员工的立场，为后续处理提供合理依据。
约见面谈：在条件允许的情况下，邀请员工到公司进行面谈，营造轻松、友好的氛围，让员工能够坦诚地说明情况。面谈过程中，公司应做好书面记录，以备后续参考。
阐明后果：向员工详细解释未办理离职手续可能对其个人社保、档案、离职证明开具等方面产生的不利影响，以及可能面临的法律责任，引导员工认识到问题的严重性。
二、明确离职流程与书面通知
告知离职流程：清晰、明确地向员工说明公司的离职流程，包括需要填写的表格、提交的部门、工作交接的具体要求等，确保员工对离职流程有全面的了解。
发送书面通知书：若沟通无果，公司应通过书面形式（如快递邮寄）向员工发送《催告办理离职手续通知书》，明确办理期限，并保留邮寄凭证作为证据。通知书中应明确指出，若员工未在规定期限内办理离职手续，公司将按照相关规定进行处理。
三、处理工作交接与按规定处理
安排专人跟进：若员工愿意回来办理离职手续，公司应安排相关人员对接工作交接事宜，明确交接内容、时间节点，确保工作交接的顺利进行。
监督交接过程：人力资源部门或相关管理部门应监督工作交接过程，确保交接内容的完整性和准确性。交接完成后，应要求双方签字确认，作为工作交接完成的依据。
停止工资与社保缴纳：若员工在规定期限内仍未办理离职手续，公司可按照公司规章制度及法律法规停止发放工资（注意已工作但未发工资部分应依法处理）和暂停社保缴纳。但在此过程中，公司应确保操作的合法性，避免引发劳动纠纷。
四、法律风险防范与应对
遵循法律法规：在整个处理过程中，公司应严格遵守劳动法律法规，避免随意克扣工资、停缴社保等行为，以免引发劳动纠纷。
保存证据：公司应妥善保存与员工的沟通记录、工作交接清单、考勤记录等相关证据，以备劳动争议时使用。这些证据将有助于公司证明自己的处理行为合法、合规。
收集损失证据：若员工的擅自离岗行为给公司造成了实际损失，公司应收集相关证据，如经济损失的计算依据、员工行为与损失之间的直接因果关系等，以便后续法律追究。
申请调解或仲裁：在必要时，公司可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径要求员工承担赔偿责任，并履行办理离职手续的义务。
五、其他注意事项与制度建设
保持沟通与协商：在处理过程中，公司应尽量通过和平方式解决问题，与员工保持沟通与协商，避免不必要的法律纠纷。
建立健全离职管理制度：公司应加强离职指导和服务，建立健全的离职管理制度，明确旷工解除劳动关系的规定，并确保已向员工公示。这将有助于公司规范离职管理流程，减少类似问题的发生。
作出相应决定：根据员工是否完成离职手续，公司应及时为其办理离职手续或按旷工处理，并以书面形式通知员工。这将有助于公司明确员工的离职状态，为后续管理提供依据。
综上所述，对于未按公司规定办理离职的员工，公司应依法依规、有序且人性化地处理，确保双方权益得到妥善保障。通过初步沟通与了解情况、明确离职流程与书面通知、处理工作交接与按规定处理、法律风险防范与应对以及其他注意事项与制度建设等步骤，公司可以有效地应对这一问题，维护自身的合法权益。