针对“未按正常离职流程办理的员工如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工在离职时应当遵循公司规定的离职流程，这包括但不限于提前通知、办理工作交接、交还公司财物等。这是员工应尽的义务，也是维护公司正常运营和保障双方权益的重要一环。
对于未按正常离职流程办理的员工，公司可以采取以下措施：
沟通与提醒：
- 在发现员工未按流程离职时，公司应首先与员工进行沟通，了解其离职原因和具体情况。
- 提醒员工按照公司规定的离职流程进行操作，并告知其未履行义务可能带来的后果。
要求补办手续：
- 如果员工因疏忽或不了解流程而未办理相关手续，公司应要求其尽快补办，包括工作交接、财物归还等。
- 可以设定一个合理的期限，要求员工在此期限内完成所有离职手续。
评估损失与索赔：
- 如果员工拒绝办理离职手续或给公司造成了实际损失，公司应评估这些损失的具体金额和性质。
- 根据劳动合同和相关法律法规，公司有权向员工提出索赔要求，要求其赔偿因未履行离职义务而给公司造成的损失。
- 在此过程中，公司应保留好相关证据，如工作交接清单、财物归还记录、损失评估报告等，以备仲裁或诉讼之需。
法律途径：
- 如果员工拒绝赔偿或双方无法就赔偿金额达成一致，公司可以通过劳动人事争议仲裁委员会或法院等法律途径来维护自身权益。
- 在提起仲裁或诉讼时，公司应提交充分的证据来证明员工的违约行为和给公司造成的损失。
内部管理优化：
- 针对此类事件，公司还应反思内部管理流程是否存在漏洞或不足，并及时进行优化和完善。
- 例如，可以加强员工离职前的培训和指导，确保员工了解离职流程和义务；或者建立更加完善的离职管理制度，明确离职流程和责任划分等。
具体案例参考：
以您提供的案例为例，李某某作为研发人员，在未提前三十日通知公司且拒绝办理工作交接手续的情况下自行离职，给公司造成了实际损失。公司通过启动备用方案、招聘人员、委托设计等措施进行补救，但仍因研发设计进度延误、迟延交付样机而承担了违约责任。在此情况下，公司有权向李某某提出索赔要求，并最终通过法律途径获得了赔偿。
综上所述，对于未按正常离职流程办理的员工，公司应通过沟通、提醒、要求补办手续、评估损失与索赔以及法律途径等措施来维护自身权益。同时，公司也应加强内部管理流程的优化和完善，以预防类似事件的再次发生。