结论：公司起诉不确定劳动关系，并不影响您已经取得的工伤认定书和劳动能力鉴定书的效力，但可能影响赔偿的具体流程和责任承担。您需要积极应对公司的诉讼，同时准备好相关证据以支持自己的主张。

详细分析：

1. 工伤认定书和劳动能力鉴定书的效力：

   • 工伤认定书是劳动保障行政部门根据工伤保险法规，对职工因工作遭受事故伤害或患职业病是否属于工伤或视同工伤给予的定性结论。一旦出具，即具有法律效力，除非有充分的证据证明其存在错误或违法情形，否则不会被轻易推翻。
   • 劳动能力鉴定书是劳动能力鉴定委员会根据职工的工伤情况，对其劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度进行的等级鉴定。这也是确定工伤赔偿金额的重要依据。

2. 公司起诉不确定劳动关系的影响：

   • 公司起诉不确定劳动关系，可能是试图通过法律途径否认与您的劳动关系，从而逃避工伤赔偿责任。然而，工伤认定书本身已经是对劳动关系的一种确认（至少是在工伤事故发生时的劳动关系确认），公司需要提供充分的证据来推翻这一认定。
   • 如果公司无法提供充分证据证明与您不存在劳动关系，或者法院最终认定存在劳动关系，那么公司仍然需要承担工伤赔偿责任。

3. 应对策略：

   • 准备证据：收集并整理所有能证明您与公司存在劳动关系的证据，如劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、同事证言等。这些证据将有助于支持您的主张，并反驳公司的诉讼。
   • 积极应诉：及时关注公司的诉讼进展，按照法院的要求提交证据、参加庭审等。在庭审过程中，要清晰、准确地陈述事实，提供有力的证据支持自己的主张。
   • 咨询专业律师：虽然我已经在这里提供了一些法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，建议您在应诉过程中咨询专业律师，以便获得更具体、更个性化的法律帮助。

4. 可能的法律后果：

   • 如果法院最终认定您与公司存在劳动关系，那么公司需要按照工伤认定书和劳动能力鉴定书的结果承担赔偿责任。
   • 如果法院认定您与公司不存在劳动关系，那么您可能需要通过其他途径（如民事诉讼）来寻求赔偿，但这将取决于具体情况和证据。

额外建议：

• 在整个过程中，保持冷静和理性，不要因为公司的诉讼而过度焦虑或采取过激行为。
• 密切关注案件的进展和法院的通知，确保不会错过任何重要的法律程序或期限。

如果您在应对过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。