结论：在老板不承认劳动关系且已向法院起诉的情况下，您仍可通过合法途径维护自己的权益，确保工伤认定和赔偿的顺利进行。以下是具体的分析和建议：
一、应对老板起诉的策略
积极应诉：
- 既然老板已经向法院起诉不承认劳动关系，您需要积极准备应诉材料，包括之前劳动仲裁委员会确认劳动关系的裁决书、相关证据等，以证明您与老板之间确实存在劳动关系。
强调仲裁裁决的效力：
- 劳动仲裁委员会的裁决书在法律上具有一定的效力，可以作为您与老板之间存在劳动关系的初步证据。在法庭上，您可以强调这一点，并请求法院采纳仲裁裁决作为认定事实的依据。
二、工伤认定和赔偿的流程
收集并保存证据：
- 除了劳动合同外，您还可以收集工资支付记录、工作证件、考勤记录、业务相关材料以及同事的证言等，这些都可以作为证明劳动关系的辅助证据。
- 同时，确保您有医疗机构出具的诊断证明书，这是工伤认定的重要材料。
申请工伤认定：
- 在确认劳动关系后（无论是通过仲裁还是法院判决），您应尽快准备工伤认定申请表、劳动关系证明材料以及诊断证明书等，向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请，您或您的近亲属、工会组织也可以在1年内直接向社会保险行政部门提出申请。
配合调查与领取决定：
- 社会保险行政部门受理申请后，会进行调查核实。您需要配合提供情况和证明材料，以便行政部门能够准确作出工伤认定决定。
- 社会保险行政部门在60日内会作出工伤认定决定，并出具相关决定书。您应妥善保管这份决定书，它是后续申请工伤赔偿的重要依据。
三、举证责任与法律途径
举证责任：
- 在工伤认定过程中，如果用人单位否认工伤，根据《工伤保险条例》第十九条，由用人单位承担举证责任。您只需提供初步证据证明工伤可能性，而用人单位需提供充分证据反驳。
法律途径：
- 如果劳动仲裁、法院判决或工伤认定结果不利于您，您可以通过诉讼途径进一步维护自己的权益。在诉讼过程中，要充分准备证据，阐述主张，并请求法院作出公正判决。
四、建议与总结
- 保持冷静与积极：面对老板的起诉和否认劳动关系，您需要保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径来维护自己的权益。
- 咨询与协助：在整个过程中，如果您遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和支持。
- 确保权益得到保障：通过上述步骤，您可以确保自己的工伤认定和赔偿权益得到充分保障。即使老板不承认劳动关系，您也有足够的法律手段来维护自己的合法权益。
希望以上分析和建议能够对您有所帮助。如果您有任何进一步的问题或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。