关于您提出的“人员只在公司上公积金是否算单位人数以及是否合法”的问题，这主要涉及到对“在职职工”的定义以及住房公积金缴存的相关规定。以下是我根据相关政策文件为您提供的详细解答：
一、关于“在职职工”的定义
根据《住房公积金管理条例》以及相关政策文件的解释，“在职职工”通常指的是在国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体等单位中工作，并由单位支付工资的各类人员。这包括与单位签订劳动合同或符合劳动保障部门认定的形成事实劳动关系的在岗职工。只要员工在公司工作并由公司支付工资，即使公司只为这部分员工缴存公积金，他们仍然属于公司的在职职工，应计入单位人数。
二、关于住房公积金的缴存规定
缴存义务：根据《住房公积金管理条例》，单位及其在职职工都有义务缴存住房公积金。这意味着，只要员工属于公司的在职职工，公司就有责任为其缴存公积金。
缴存比例：单位和职工的住房公积金缴存比例不应低于5%，原则上不高于12%。具体比例由各地根据实际情况确定。
缴存基数：缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍（具体标准由各地确定）。
三、关于您问题的直接回答
人员只在公司上公积金，他们仍然属于公司的在职职工，应计入单位人数，并且公司为他们缴存公积金是合法的。公司不能仅选择为部分员工缴存公积金而忽略其他员工，因为这违反了《住房公积金管理条例》中关于单位及其在职职工都有义务缴存住房公积金的规定。
四、建议与注意事项
确保合规性：公司应确保所有在职职工都纳入公积金缴存范围，以避免可能的法律风险和罚款。
及时调整政策：随着政策的变化和当地经济、社会发展情况的调整，公司应及时关注并调整公积金缴存比例和基数，以确保符合最新规定。
加强沟通与培训：公司应加强与员工的沟通，解释公积金缴存的重要性和相关规定，同时定期对人力资源部门进行培训，确保他们熟悉并掌握最新的公积金政策。
希望以上解答能够帮助您更好地理解住房公积金的缴存规定以及“在职职工”的定义。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。