您好，关于您提到的“公司有的员工有公积金有的没有是否合法”的问题，这确实是一个涉及员工权益和公司合规性的重要问题。
首先，根据《住房公积金管理条例》的规定，国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工，都应当按照规定缴存住房公积金。这意味着，从法律层面讲，公司应当为所有在职职工缴存住房公积金，而不应存在部分员工有公积金、部分员工没有的情况。
接下来，我们分析可能存在的几种情况：
公司确实存在部分员工未缴存公积金：
- 这可能违反了《住房公积金管理条例》的规定，公司可能面临行政处罚，如被住房公积金管理中心责令限期办理缴存登记或账户设立手续，逾期不办理的还可能被处以罚款。
- 同时，公司还可能被责令补缴欠缴的住房公积金，逾期仍不补缴的，住房公积金管理中心可以申请人民法院强制执行。
- 此外，公司的缴存违规行为还可能被记入信用档案，影响企业的信用评级、招投标、银行信贷等。
公司存在特殊情况导致部分员工未缴存：
- 如果公司确实存在经济困难等特殊情况，可以按照规定程序申请降低缴存比例或缓缴住房公积金。但这一申请需要经过本单位职工代表大会或工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准。
- 即使获得批准降低缴存比例或缓缴，公司也应在经济效益好转后及时提高缴存比例或补缴住房公积金。
员工个人原因导致未缴存：
- 理论上，员工个人无法决定是否缴存住房公积金，因为这是公司的法定义务。但如果员工自愿放弃缴存（这种情况在实际操作中极为罕见且可能涉及法律风险），公司也应谨慎处理，并确保这一决定不会违反相关法律法规。
综合建议：
- 对于公司而言，应严格遵守《住房公积金管理条例》的规定，为所有在职职工缴存住房公积金。如果确实存在经济困难等特殊情况，应按照规定程序申请降低缴存比例或缓缴，并在条件改善后及时补缴。
- 对于员工而言，如果发现公司未为自己缴存住房公积金，可以向住房公积金管理中心投诉或咨询相关法律援助机构以维护自己的合法权益。
总之，公司部分员工有公积金、部分员工没有的情况在法律上是不被允许的。公司应严格遵守相关法律法规，确保所有在职职工的住房公积金权益得到保障。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。