您好，关于您提出的“公司只缴纳公积金最低基数是否合法”的问题，这是一个涉及劳动法规和公积金管理规定的重要问题，我将为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，公司不按照员工的实际工资作为基数来缴纳公积金，而是选择最低基数进行缴纳，这一做法通常是不合规的。公积金的缴纳基数一般应当与员工的实际工资收入相匹配，这是为了保障员工的合法权益，确保公积金的缴纳能够真实反映员工的收入水平。

接下来，我针对您可能关心的几个方面进行详细说明：

1. 公积金缴纳基数的确定：

   • 公积金的缴纳基数通常是根据员工的上一年度月平均工资来确定的，而不是简单地选择最低工资标准。
   • 如果员工的实际工资高于当地规定的公积金缴纳基数上限，那么缴纳基数将按照上限来执行；如果低于下限（如最低工资标准，但并非所有地区都以下限为缴纳基数），则理论上应至少按照实际工资或当地规定的最低缴纳基数（若高于最低工资标准）来缴纳，但具体还需参照当地公积金管理政策。

2. 深户与非深户的公积金缴纳：

   • 无论是深户还是非深户，公积金的缴纳基数和比例都应遵循相同的法规和政策，不存在因户籍不同而有所差异的情况。
   • 深圳市（或任何其他地区）的公积金缴纳基数和比例都有明文规定，这些规定通常可以在当地公积金管理中心的官方网站上找到。

3. 公司不按实际工资缴纳公积金的后果：

   • 如果公司未按照员工的实际工资缴纳公积金，员工有权向当地的公积金管理中心进行投诉。
   • 投诉时，员工需要提供与用人单位签订的有效《劳动合同》、社会保险缴费清单、工资收入证明（如单位工资条、银行收入流水等）以及身份证等材料。
   • 公积金管理中心将对投诉进行调查，并根据调查结果对公司进行相应的处理，包括要求公司补缴公积金、处以罚款等。

4. 如何维护自己的权益：

   • 如果您发现公司未按照您的实际工资缴纳公积金，您可以先与公司进行沟通，要求公司按照法规进行补缴。
   • 如果公司拒绝补缴或未给予合理答复，您可以向当地的公积金管理中心进行投诉，并按照上述要求提供相关材料。

综上所述，公司只缴纳公积金最低基数通常是不合法的。为了保障自己的合法权益，建议您密切关注自己的公积金缴纳情况，并在发现问题时及时与公司沟通或向相关部门投诉。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。