关于您提出的“社保和公积金是最低基数是否合法”的问题，这涉及到社保和公积金的缴纳规定，以下我将分别就社保和公积金的缴纳基数问题进行详细解答。

一、社保缴纳基数问题

社保的缴纳基数通常是根据职工的工资水平来确定的，但具体规定可能因地区和政策而异。一般来说，社保缴纳基数有上下限的规定，即不得低于当地规定的最低工资标准，也不得高于当地规定的最高工资标准（通常是当地职工月平均工资的3倍）。如果公司按照最低工资标准来缴纳社保，而您的实际工资高于这个标准，那么这种做法在多数情况下是不合规的，除非当地政策有特别规定或者您与公司有特别约定。

二、公积金缴纳基数问题

对于公积金的缴纳基数，根据《住房公积金管理条例》及相关指导意见，我们可以明确以下几点：

1. 缴纳基数原则：公积金的缴纳基数原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍（具体标准由各地根据实际情况确定）。同时，缴纳基数也不应低于当地规定的最低工资标准（如果当地有明确规定的话）。

2. 不以实发工资为基数是否合规：如果您的实发工资高于当地规定的最低工资标准，但公司却以最低工资标准作为公积金的缴纳基数，这种做法通常是不合规的。因为公积金的缴纳基数应该反映职工的实际工资水平，以保障职工的合法权益。

3. 深户公积金缴纳基数和比例：对于深户（即深圳市户籍的职工）的公积金缴纳基数和比例，深圳市有具体的规定。一般来说，深户的公积金缴纳比例和基数与当地的经济、社会发展情况以及职工的平均工资水平等因素有关。具体标准可以查阅深圳市住房公积金管理中心的相关公告或政策文件。但无论如何，深户的公积金缴纳基数也不应低于当地规定的最低工资标准（如果当地有明确规定的话），并且缴纳比例应在规定的范围内（通常是5%至12%之间）。

三、综合建议

1. 了解当地政策：由于社保和公积金的缴纳规定可能因地区而异，建议您先了解当地的具体政策规定。

2. 与公司沟通：如果您发现公司按照最低基数缴纳社保和公积金，而您的实际工资高于这个标准，您可以与公司的人力资源部门或财务部门进行沟通，了解公司的缴纳政策，并表达您的关切和诉求。

3. 寻求法律援助：如果公司拒绝调整缴纳基数，并且您认为公司的做法违反了相关法律法规，您可以考虑寻求法律援助或向当地的劳动监察部门投诉。

总之，社保和公积金的缴纳基数应该反映职工的实际工资水平，以保障职工的合法权益。如果公司按照最低基数缴纳而您的实际工资高于这个标准，这种做法通常是不合规的。建议您先了解当地政策，与公司沟通，并在必要时寻求法律援助。