结论前置：公司公积金基数是否按最低工资缴纳合法，需分情况讨论。若员工实际工资低于或等于当地最低缴存基数，公司按最低标准缴纳合法；若员工实际工资高于最低缴存基数，公司却统一按最低标准缴纳，则不合法。

详细分析：

1. 合法情形：

   • 法律依据：根据《住房公积金管理条例》第十六条，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资与规定的缴存比例来确定。然而，该条例并未禁止在特定情况下按最低缴存基数缴纳。当员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数时，单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。例如，若当地最低缴存基数为2000元，而某员工月工资为1800元，单位按2000元为基数缴纳即为合法。
   • 特定情况：对于新参加工作的职工，从参加工作的第二个月开始缴存住房公积金，其缴存基数为职工本人当月工资。如果这个月工资水平低于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么单位可以按照最低缴存基数来为职工缴纳公积金。此外，在特殊情况下，如企业因严重亏损等原因导致经营困难，经过本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，企业可以降低缴存比例或者缓缴公积金，此时也有可能会选择按照最低缴存基数为职工缴纳公积金。

2. 不合法情形：

   • 违规操作：如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但单位却统一按最低标准缴纳，这违反了《住房公积金管理条例》的规定。例如，员工上一年度月平均工资为8000元，而单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳，这种做法是不合法的。
   • 员工权益受损：住房公积金作为员工的重要福利，对于解决住房问题、提高生活质量具有重要意义。公司按最低标准缴纳公积金，可能导致员工购房贷款额度受限、养老及住房保障削弱等后果，严重损害了员工的合法权益。

3. 法律救济途径：

   • 协商沟通：若劳动者认为单位缴纳的公积金不符合规定，首先应与单位沟通协商，要求调整缴存基数。
   • 投诉举报：协商不成时，可向当地住房公积金管理中心投诉举报，由管理中心责令单位限期改正；逾期不改的，可对单位处以1万元以上5万元以下的罚款。
   • 法律诉讼：在极端情况下，如果员工认为公司的行为给自己造成了重大损失且其他途径无法解决问题时，可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。但需注意，法律诉讼程序相对复杂且耗时较长，因此应谨慎选择。

建议与提醒：

• 公司应严格遵守《住房公积金管理条例》的规定，基于员工的实际工资为其缴纳公积金，以充分保障员工的权益并促进自身长远发展。
• 员工也应充分了解自己的权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。