公司只给非农户上住房公积金的做法不合法。以下从多个角度进行分析：
从住房公积金的缴纳规定来看：
- 根据《住房公积金管理条例》的规定，住房公积金的缴纳是基于职工与用人单位建立劳动关系这一事实，而非职工的户籍性质（农业户口或非农业户口）。只要职工与用人单位存在劳动关系，用人单位就应当为其缴纳住房公积金。因此，公司仅因职工是农业户口就不为其缴纳住房公积金，违反了这一规定。
从公平原则的角度来看：
- 公平原则是劳动法律关系中的一个重要原则。公司只给非农户上住房公积金，而忽略农业户口职工，这种做法显然违背了公平原则。所有职工，无论其户籍性质如何，都应当享有同等的劳动权益，包括住房公积金的缴纳。
从法律责任的角度来看：
- 如果公司违反规定，不为农业户口职工缴纳住房公积金，将可能面临法律责任。根据《住房公积金管理条例》的相关规定，单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。
从实际操作的角度来看：
- 在实际操作中，公司应当建立完善的住房公积金缴纳制度，确保所有职工都能享受到这一权益。如果公司存在只给非农户上住房公积金的情况，农业户口职工有权向住房公积金管理中心投诉，要求公司为其补缴住房公积金。
综上所述，公司只给非农户上住房公积金的做法是不合法的。如果遇到这种情况，农业户口职工可以向住房公积金管理中心投诉，维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。