针对您提出的“单位只给城镇户口交公积金不给农户交是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
首先，我们要明确的是，根据国务院《住房公积金管理条例》的相关规定，新设立单位（或新招录职工）必须自（招录）之日起三十日内，到住房公积金中心办理缴存登记和职工账户设立手续。这一规定并未对员工的户口类型（城镇户口或农业户口）进行区分，也就是说，无论是城镇户口还是农业户口的员工，单位都应当为其缴纳公积金。
其次，如果单位只给城镇户口的员工缴纳公积金，而拒绝为农业户口的员工缴纳，这种行为是违反了国务院《住房公积金管理条例》的。单位应当平等对待所有员工，不论其户口类型如何，都应当依法为其缴纳公积金。
再者，如果单位存在这种不公平的缴纳行为，农业户口的员工可以通过以下途径来维护自己的权益：
与单位进行协商：员工可以首先尝试与单位进行沟通，表达自己的诉求和依据，要求单位依法为自己缴纳公积金。
向劳动争议仲裁委员会申请仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位予以缴纳公积金，并可能获得相应的经济补偿。
寻求法律援助或咨询专业律师：在处理此类问题时，员工也可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地了解自己的权益和维权途径。
综上所述，单位只给城镇户口交公积金不给农户交是不合法的行为。农业户口的员工应当了解自己的权益，并通过合法途径来维护自己的权益。希望以上解答能够对您有所帮助。