结论：员工与分公司建立劳动合同，但法院判与总公司存在劳动关系，这一判决是否合理，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。若分公司依法取得营业执照或登记证书，则判决不合理；若分公司未依法取得相关证照，则判决合理。
详细分析：
分公司依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，分公司如果已经依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格。
- 实际表现：在这种情况下，分公司会以自己的名义进行员工招聘、管理，并独立开展业务活动。员工直接受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资。因此，员工与分公司之间形成了明确的劳动关系。若法院在此情况下判决员工与总公司存在劳动关系，则这一判决是不合理的。
分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则它不具备独立的用工主体资格。此时，分公司不能独立与劳动者签订劳动合同，而是需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。
- 实际关系：在这种情况下，尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。员工的招聘、管理、工资发放等均由总公司负责，因此员工与总公司之间存在劳动关系。若法院在此情况下判决员工与总公司存在劳动关系，则这一判决是合理的。
法律责任与争议解决建议：
- 法律责任：无论分公司是否具备独立用工主体资格，其在法律上的地位和责任仍然归属于总公司。这意味着，如果分公司无法履行其作为用人单位的义务，总公司需要承担相应的法律责任。
- 争议解决：在劳动争议仲裁中，如果员工与分公司签订了劳动合同但发生纠纷，员工可以将分公司和总公司一起列为被申请人，要求总公司对具有支付内容的仲裁请求承担补充清偿责任。这确保了员工的合法权益得到有效保障。
总结与建议：
- 在与分公司或总公司签订劳动合同时，劳动者应仔细核实对方的法律地位和经营资格，明确用人单位是分公司还是总公司。
- 了解相应的法律责任承担情况，以确保自己的合法权益不受损害。
- 如遇劳动争议，应及时寻求法律帮助，通过合法途径维护自己的权益。你可以直接向我咨询相关法律问题，我会为你提供专业的解答和建议。