针对您提出的“劳动合同由总部签订，实际管理是分公司，劳动关系怎么认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、劳动关系主体的基本认定
在您描述的情况下，虽然您实际在分公司工作，但劳动合同是与总公司签订的。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，劳动关系的主体是您和总公司。总公司作为用人单位，需要承担劳动合同中规定的各项义务，如支付工资、缴纳社会保险、提供劳动保护等。
二、分公司的法律地位与实际作用
分支机构性质：分公司是总公司的分支机构，通常不具备独立法人资格，其法律行为需以总公司的名义进行。这意味着，分公司不能独立承担民事责任，其民事责任由总公司承担。
日常管理职责：尽管分公司不具备独立法人资格，但它在实际操作中往往负责员工的日常管理和任务分配。您接受分公司的管理、考勤，并执行其分配的工作任务，这是分公司作为总公司分支机构在实际运营中的常见做法。
三、劳动关系认定的关键因素
在认定劳动关系时，除了劳动合同的签订主体外，还需要考虑以下关键因素：
实际用工情况：您实际在分公司工作，接受分公司的管理和指挥，这是判断劳动关系的重要依据。然而，仅凭这一点并不足以改变劳动合同中约定的劳动关系主体。
工资支付与社会保险缴纳：通常，工资支付和社会保险缴纳方也是判断劳动关系的重要方面。如果工资由总公司支付，社会保险也由总公司缴纳，这进一步支持了您与总公司存在劳动关系的认定。
公司规章制度与劳动纪律：您是否遵守总公司的规章制度和劳动纪律，也是判断劳动关系的一个方面。如果分公司执行的是总公司的规章制度，您也遵守这些规定，那么这同样支持您与总公司存在劳动关系的认定。
四、特殊情况与权益保障
分公司独立法律地位的情况：如果分公司依法领取了营业执照，具有独立的法律地位，理论上它也可以作为用人单位与劳动者签订劳动合同。但在您描述的情况下，由于劳动合同是与总公司签订的，因此这一特殊情况并不适用。
权益保障措施：为了确保您的权益得到有效保障，我建议您：
五、劳动纠纷处理
若发生劳动纠纷，如拖欠工资、违法解除劳动合同等情况，您应以总公司作为被申请人提起劳动仲裁或诉讼。分公司虽不具备独立承担劳动关系中用人单位法律责任的主体资格，但可以作为案件相关事实的协助调查方或参与方，提供与您工作实际情况有关的证据和信息。
结论
综上所述，在您描述的情况下，劳动关系的主体是您和总公司。尽管您实际在分公司工作并接受其管理，但这并不改变劳动合同中约定的劳动关系主体。为了确保您的权益得到有效保障，我建议您妥善保存相关证据，仔细研读劳动合同，并在发生纠纷时依法向总公司提出申诉或诉讼。