结论前置：在此情况下，劳动者与总公司存在劳动关系。

详细分析：

一、劳动合同签订主体

1. 劳务协议与总公司签订：根据题目描述，劳动者是与总公司签订的劳务协议（实为劳动合同），这一行为直接表明了劳动者与总公司之间的合同关系。

二、工资发放情况

1. 工资由总公司发放：尽管劳动者在分公司工作，但其工资却是由总公司发放。这一事实进一步强化了劳动者与总公司之间的经济联系和劳动关系。工资支付记录是判断劳动关系的重要线索，由总公司支付工资表明总公司承担了用人单位的责任。

三、实际用工与管理

1. 在分公司工作：劳动者虽然在分公司工作，但这一事实并不改变其与总公司之间的劳动关系。分公司作为总公司的分支机构，其用工行为通常是在总公司的指导和安排下进行的。
2. 管理与指挥：需要考察劳动者在实际工作中接受哪一方的管理、指挥和监督。如果劳动者在工作中主要接受总公司的管理和指挥，那么这也支持了劳动者与总公司之间存在劳动关系。

四、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条：根据该条例规定，劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同；未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。在此情况下，题目并未提及分公司是否取得营业执照或登记证书，但即便分公司取得了相关证照，由于劳动合同是与总公司签订的，且工资由总公司发放，因此劳动者与总公司之间的劳动关系仍然成立。

总结与建议：

综上所述，劳动者与总公司存在劳动关系。这一结论是基于劳动合同签订主体、工资发放情况、实际用工与管理以及法律依据等多方面因素的综合分析得出的。在实际操作中，我们应仔细审查劳动合同、工资支付记录、考勤记录等相关证据，以准确判断劳动关系的归属。如有进一步需要，您可以继续咨询我。