1. 实际用工关系的判断：

   • 在劳动法律关系中，实际用工关系通常依据劳动合同的履行情况、劳动者的实际工作地点、工作内容以及工资支付主体等多方面因素综合判断。就您描述的情况而言，虽然员工与分公司签订了劳动合同，但工资由总公司发放，这并不直接决定实际用工关系的归属。
   • 关键在于，员工是否在分公司的管理下，从事分公司安排的工作，并接受分公司的监督和管理。如果员工实际上是在分公司的指挥和控制下工作，那么可以认为实际用工关系在分公司。

2. 工资支付主体的影响：

   • 工资支付主体（总公司）并不直接决定实际用工关系的归属。总公司作为支付主体，可能是基于集团内部的财务管理安排，或者是分公司与总公司之间的某种协议。
   • 然而，如果总公司直接参与了对员工的管理、指挥和监督，那么这可能会对实际用工关系的判断产生影响。但在此情况下，仅凭工资支付主体无法直接断定实际用工关系在总公司。

3. 法律建议：

   • 对于员工而言，如果希望明确自己的实际用工关系，可以查看劳动合同中的具体条款，以及公司内部的管理规定和实际操作情况。
   • 如果存在争议，建议员工收集相关证据，如工作记录、邮件往来、工资条等，以证明自己的实际用工关系。
   • 如有需要，员工可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

4. 可能的法律后果：

   • 如果实际用工关系与劳动合同签订主体不一致，可能会导致在劳动纠纷处理中产生争议。例如，在工伤认定、经济补偿等方面，可能会因为用工关系的认定问题而产生纠纷。
   • 因此，建议公司和员工在签订劳动合同时，应明确实际用工关系，并确保劳动合同中的条款与实际用工情况相符，以避免后续的法律纠纷。

综上所述，实际用工关系的判断需要综合考虑多方面因素，而工资支付主体并不直接决定实际用工关系的归属。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。