核心结论：员工工资由分公司发放时，劳动合同的签订公司选择需根据分公司是否具备独立法人资格来确定，具体分为两种情况。
分公司具备独立法人资格
- 法律解释：若分公司依法取得营业执照，具备独立法人资格，那么它就可以独立承担民事责任，包括与员工签订劳动合同。在这种情况下，员工可以选择与分公司签订劳动合同，因为分公司能够作为独立的法律主体来确立劳动关系。
- 实际操作：员工在与具备独立法人资格的分公司签订劳动合同时，应确保合同中明确双方的权利和义务，包括工资支付、福利待遇、工作时间、劳动保护等关键条款。同时，员工也有权要求分公司提供相关的营业执照等证明文件，以确认其合法性和独立性。
分公司不具备独立法人资格
- 法律解释：若分公司未依法取得营业执照，或者虽然取得营业执照但不具备独立法人资格（如仅为总公司的分支机构），那么它就不能独立承担民事责任，包括与员工签订劳动合同。在这种情况下，员工应与总公司签订劳动合同，因为总公司才是能够承担民事责任的法律主体。
- 实际操作：员工在与不具备独立法人资格的分公司打交道时，应要求分公司提供总公司的相关信息和授权文件，以确认其代表总公司进行招聘和管理的合法性。同时，在签订劳动合同时，应确保合同上加盖的是总公司的公章，或者由总公司授权的代表签字，以确保合同的法律效力。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司是总公司的分支机构，其民事责任由总公司承担（除非分公司具备独立法人资格）。因此，在选择签订劳动合同的公司时，员工应首先了解分公司的法律地位和资格。
- 为了避免潜在的劳动纠纷和法律风险，员工在签订劳动合同时应谨慎审查合同条款和对方的主体资格。如果对分公司的法律地位和资格存在疑问，可以要求对方提供相关的证明文件或咨询专业律师进行确认。
- 如果员工已经与不具备独立法人资格的分公司签订了劳动合同，但后续发现存在法律问题或纠纷，可以及时向总公司提出异议或寻求法律援助。在这种情况下，总公司作为民事责任承担者，有义务对员工的合法权益进行保护和赔偿。
可能后果：
- 如果员工错误地与不具备独立法人资格的分公司签订了劳动合同，并且后续发生了劳动纠纷或法律问题，可能会面临维权困难的情况。因为分公司可能无法独立承担民事责任，导致员工的合法权益无法得到及时有效的保护。
- 因此，员工在签订劳动合同时应务必谨慎选择签订对象，并确保对方具备合法的主体资格和承担民事责任的能力。如果有任何疑问或不确定的地方，应及时咨询专业律师或相关机构进行确认和指导。
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