在和分公司签订劳动合同的情况下，起诉确认劳动关系时，诉讼主体可能是分公司、总公司，或二者共同作为诉讼主体，具体需根据实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 分公司的法律地位及责任承担

   • 分公司不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担（《中华人民共和国公司法》第十三条）。但分公司可以领取营业执照，并在其经营范围内进行民事活动。
   • 若分公司有足够财产支付相关费用，且为劳动纠纷的直接参与者，如实际用工、发放工资、缴纳社保等，分公司可考虑作为诉讼主体。然而，即便分公司作为诉讼主体，其最终法律责任仍可能由总公司承担。

2. 劳动合同的签订与履行情况

   • 合同签订：若劳动合同是与分公司签订的，且分公司具备营业执照，那么分公司在法律上具备作为劳动合同一方当事人的资格，因此可考虑作为诉讼主体。若劳动合同是与总公司签订的，则诉讼主体通常为总公司。
   • 合同履行：劳动合同的实际履行地、工资发放主体、社保缴纳主体等因素也是判断劳动关系实际归属和法律责任承担方的重要依据。例如，若工资由分公司发放，社保由分公司缴纳，且实际用工管理也由分公司负责，那么分公司更可能被认定为劳动关系的实际主体。

3. 实际用工管理及决策因素

   • 若分公司的经营管理活动完全受总公司控制，相关劳动决策如薪酬政策、人员调配等由总公司作出，则总公司为劳动法律关系的实质主体。在这种情况下，即便劳动合同是与分公司签订的，总公司也可能成为诉讼主体。
   • 另一方面，若劳动纠纷与分公司的管理和决策直接相关，如分公司自行决定解雇员工、调整薪资等，那么分公司作为诉讼主体更为合适。

4. 综合判断与诉讼策略

   • 在确定诉讼主体时，需综合考虑分公司的法律地位、劳动合同的签订与履行情况，以及实际用工管理等因素。
   • 为确保劳动者权益得到充分保障，劳动者可根据实际情况选择将分公司、总公司，或二者共同列为诉讼主体。在诉讼过程中，法院将一并审查双方责任，判决各自应承担的责任份额。

建议：

• 在面临此类劳动纠纷时，建议劳动者首先收集并整理好与劳动关系相关的证据材料，如劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录、工作证等。
• 然后，根据实际情况和上述分析，确定合适的诉讼主体和诉讼策略。
• 若对诉讼主体或诉讼策略存在疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。