公司通过集体合同变更加班费基准是否合法，需分情况讨论：

1. 若集体合同变更程序合法且内容不违反法律法规强制性规定：

   • 根据《劳动合同法》第五十一条、第五十四条的规定，企业职工一方与用人单位通过平等协商，可以就劳动报酬、工作时间等事项订立集体合同。集体合同订立后，应当报送劳动行政部门；劳动行政部门自收到集体合同文本之日起十五日内未提出异议的，集体合同即行生效。
   • 若公司变更加班费基准的集体合同，已经过职工代表大会或全体职工讨论通过，并与工会或职工代表平等协商确定，且报送劳动行政部门后未收到异议，同时变更加班费基准的内容不违反国家关于加班费支付的强制性规定（如不低于法定标准），则该变更是合法的。

2. 若集体合同变更程序不合法或内容违反法律法规强制性规定：

   • 若公司未按照法定程序变更加班费基准，如未经职工代表大会或全体职工讨论，或未与工会或职工代表平等协商，或未报送劳动行政部门，则该变更程序不合法，变更无效。
   • 若变更加班费基准的内容违反了国家关于加班费支付的强制性规定，如低于法定标准，则该变更内容违法，同样无效。根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

法律建议：

• 若您对公司通过集体合同变更加班费基准的合法性有疑问，建议首先查阅该集体合同的变更程序是否合法，以及变更内容是否违反了国家关于加班费支付的强制性规定。
• 若发现变更程序不合法或内容违法，您可以向公司提出异议，要求公司恢复原加班费基准或按照法定标准支付加班费。
• 若公司拒绝改正，您可以向当地劳动行政部门投诉，或依法申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若公司通过集体合同变更加班费基准的行为被认定为违法，公司可能需要承担支付违法变更期间的加班费差额、赔偿劳动者因此遭受的损失等法律责任。
• 同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。