公司降低加班费计算基数是否合法，需分情况讨论：

一、劳动合同或集体合同有明确约定时

1. 若公司未经协商擅自降低：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。加班费作为劳动报酬的一部分，其计算基数若已在劳动合同中明确约定，公司未经劳动者同意擅自降低，即构成违约，属于违法行为。

2. 若经协商一致后降低：若公司因经营需要或其他合理原因，与劳动者协商一致后降低加班费计算基数，并签订书面协议，则此行为合法。但协商过程中，公司应确保劳动者的知情权、参与权和表达权，不得利用优势地位强迫劳动者接受不合理条件。

二、劳动合同或集体合同无明确约定时

1. 以正常工作薪酬为准：若劳动合同或集体合同未对加班费计算基数作出明确规定，则应以劳动者实际所得的正常工作薪酬为准。此时，公司若擅自降低加班费计算基数，导致劳动者实际获得的加班费低于其正常工作薪酬的相应比例（即延长时间不低于150%、休息日不低于200%、法定节假日不低于300%），则属于违法行为。

2. 不得低于最低工资标准：根据《劳动法》及相关规定，加班工资的计算基数也不得低于所在城市所制定的最低工资标准。倘若公司将加班费的计算基数降低至低于最低工资标准，那么这样的行为无疑是违法的。

三、公司能提供合理理由并经合法程序时

1. 合理理由：若公司因经营困境、市场变化等合理原因需要降低加班费计算基数，应提供充分证据证明其必要性。

2. 合法程序：公司降低加班费计算基数前，应通过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，应将降低加班费计算基数的决定和理由告知劳动者，确保劳动者的知情权。

3. 避免违法指控：若公司能提供合理理由，并经合法民主程序并告知员工，其降低加班费计算基数的行为或可避免违法指控。但即便如此，公司也应确保降低后的加班费计算基数仍符合法律法规和劳动合同的约定。

法律建议：

• 劳动者在遇到公司降低加班费计算基数的情况时，应首先查看劳动合同或集体合同中是否有相关约定。
• 若无约定或约定不明确，劳动者可要求公司按照其正常工作薪酬计算加班费。
• 若公司拒绝或降低后的加班费低于最低工资标准，劳动者可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。

可能法律后果：

• 公司若违法降低加班费计算基数，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付加班费、加付赔偿金等。
• 劳动者若因此遭受损失，还可要求公司承担民事赔偿责任。