结论概述：在股份有限公司清算过程中，若部分员工对解除劳动合同的经济补偿不同意且不签字，进而选择劳动仲裁，公司需根据仲裁结果承担相应的法律责任。以下从多个角度对此问题进行分析：
经济补偿的法律依据与计算：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司因清算等原因需要解除劳动合同时，应依法向员工支付经济补偿。
- 计算方式：经济补偿的计算通常基于员工在公司的工作年限和月工资水平。具体公式为：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，按三倍计算，且补偿年限最高不超过十二年）。例如，若员工在公司工作5年，月工资为10000元，则经济补偿金为5年 × 10000元/年 = 50000元。
员工不签字与劳动仲裁的关系：
- 不签字的影响：员工对经济补偿方案不签字，并不直接决定公司是否需要支付经济补偿或支付多少。签字仅表示员工对补偿方案的认可，不签字则可能引发劳动仲裁或诉讼。
- 劳动仲裁的流程：若员工选择劳动仲裁，他们需向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并提供相关证据材料。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
公司应对劳动仲裁的策略：
- 准备证据：公司应积极准备与解除劳动合同相关的证据材料，如清算决定、员工工作年限、工资记录等，以证明经济补偿方案的合理性和合法性。
- 参与仲裁：公司应按时参加仲裁庭审，积极陈述事实和理由，提供证据支持自己的主张。
- 尊重裁决：无论仲裁结果如何，公司都应尊重并执行裁决。若对裁决结果有异议，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。
可能的法律后果：
- 若公司败诉：公司需按照仲裁裁决或法院判决向员工支付经济补偿金及相关费用（如利息、诉讼费等）。
- 若公司胜诉：员工需接受仲裁裁决或法院判决，不再就同一事项向公司主张权利。但公司也应注意，胜诉并不意味着可以完全避免未来类似纠纷的发生，因此仍需加强内部管理，规范用工行为。
预防与建议：
- 加强沟通：在清算过程中，公司应加强与员工的沟通，解释清算的原因和必要性，以及经济补偿方案的制定依据和计算方法，争取员工的理解和支持。
- 完善制度：公司应建立健全的用工管理制度和劳动合同管理制度，确保在解除劳动合同时能够依法、合规地处理经济补偿问题。
- 寻求专业帮助：若公司在处理此类问题时遇到困难或疑问，应及时咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律意见和帮助。
总结与启示：在股份有限公司清算过程中，处理员工经济补偿问题需谨慎对待。公司应依法制定合理的经济补偿方案，并加强与员工的沟通协商。若发生劳动仲裁或诉讼，公司应积极应对并尊重裁决结果。同时，公司也应加强内部管理，规范用工行为，以预防未来类似纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。