员工跟单位解除合同，有部分人不同意的情况下，同意的员工是可以正常签赔偿协议的。下面是详细的分析：

1. 合同解除的独立性：

   • 在劳动关系中，每个员工与单位之间的合同关系是相对独立的。因此，当部分员工不同意解除合同时，这并不影响同意解除合同的员工与单位之间达成赔偿协议。

2. 赔偿协议的合法性：

   • 赔偿协议是双方自愿达成的，只要内容合法、不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，就是有效的。同意解除合同的员工与单位可以就赔偿金额、支付方式、支付时间等条款进行协商，并签订书面协议。

3. 不同意解除合同的员工权益：

   • 对于不同意解除合同的员工，他们的合同关系仍然继续存在，单位不能单方面强制解除。如果单位想要解除与这些员工的合同，需要按照法律规定的程序进行，如提前通知、支付经济补偿等。

4. 实际操作建议：

   • 在实际操作中，单位可以与同意解除合同的员工单独签订赔偿协议，并确保协议内容明确、合法。同时，对于不同意解除合同的员工，单位应继续履行劳动合同，或按照法律规定进行后续处理。

综上所述，员工跟单位解除合同时，即使有部分人不同意，同意的员工也是可以正常签赔偿协议的。这是基于合同关系的独立性以及赔偿协议的合法性所得出的结论。如果你在这方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。