当公司与员工协商解除合同但员工不同意时，公司应遵循以下步骤和原则来处理赔偿问题，以确保合法合规并尽量减少纠纷：

1. 明确解除合同的原因及合法性

   • 公司需确保解除劳动合同的原因符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如员工严重违反公司规章制度、不能胜任工作等。若解除原因不合法或证据不足，员工有权拒绝解除合同并要求继续履行或获得赔偿。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条、第四十条，公司需有合法理由才能解除劳动合同，并需承担举证责任。

2. 沟通与解释赔偿标准

   • 公司应与员工进行深入沟通，详细解释赔偿标准的计算方法和依据，包括经济补偿金、代通知金（如适用）等。
   • 赔偿计算示例：若员工在公司工作满N年，月工资为M元，则经济补偿金通常为N*M元（具体根据解除原因和法律规定可能有所不同）。
   • 提供具体的计算明细，确保员工了解赔偿的构成和金额。

3. 尝试协商解决

   • 在沟通的基础上，公司应尝试与员工协商达成一致，寻求一个双方都能接受的赔偿方案。
   • 协商原则：双方应在平等自愿的基础上进行协商，充分表达各自的需求和考虑。
   • 协议确认：如果达成一致，应签订书面的协议来确认协商结果，以确保双方权益得到保障。

4. 邀请第三方调解

   • 若协商无果，公司可考虑邀请依法设立的基层人民调解组织或本单位劳动争议调解委员会等第三方调解机构进行调解。
   • 调解效力：调解成功后，双方应履行调解协议。调解协议具有法律效力，可作为解决争议的依据。

5. 申请劳动仲裁

   • 若调解不成或员工不愿调解，公司可根据《中华人民共和国劳动法》第八十二条的规定，在劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。
   • 仲裁裁决：仲裁委员会将对双方的争议进行裁决，裁决结果具有法律效力。公司应尊重并执行仲裁裁决。

6. 提起诉讼（如必要）

   • 如果员工对仲裁裁决不服，可根据《中华人民共和国劳动法》第八十三条的规定，在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
   • 法院判决：法院将对争议进行审理，并作出最终判决。公司应遵守法院判决，并承担相应的法律责任。

7. 遵守法律程序和保障员工权益

   • 在整个处理过程中，公司应严格遵守法律法规，确保辞退、补偿及后续处理的合法性。
   • 尊重权益：应尊重员工的合法权益，避免采取任何可能激化矛盾或违反法律规定的行为。
   • 及时纠正：如果公司确实存在违法行为或不当处理，应及时纠正并承担相应的法律责任。

额外建议：

• 保留证据：公司在处理此类争议时，应保留好与解除劳动合同相关的所有证据，如员工违纪记录、工作评估报告、沟通记录等，以备不时之需。
• 寻求专业法律支持：由于劳动纠纷涉及复杂的法律法规和程序要求，公司可考虑聘请专业律师提供法律支持，以确保处理过程的合法性和有效性。

总结：当公司与员工协商解除合同但员工不同意时，公司应通过沟通、解释、协商、调解、仲裁和诉讼等合法途径来处理争议，并确保在整个过程中严格遵守法律法规，保障员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。