结论：患癌症治疗期间协议解除劳动合同，是否需要支付医疗补助费，主要取决于解除劳动合同的具体情况，包括是否在医疗期内、解除合同的原因等。
一、医疗期内解除劳动合同的情况
单位限制解除权：
- 根据《劳动合同法》第四十二条，员工患癌症且处于规定的医疗期内时，用人单位不得依据该法第四十条（无过失性辞退）或第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。
- 若在此期间协议解除：通常理解为双方协商一致解除合同，但需注意，若协议解除是用人单位提出且员工同意，而员工仍处于医疗期内，这种解除可能因违反法律强制性规定而无效，除非员工明确表示放弃相关权益。若协议解除有效（如员工主动提出或双方平等协商且不违反法律强制性规定），则一般不涉及医疗补助费，但可能涉及经济补偿，具体取决于协商内容。然而，从保护劳动者角度出发，若员工因癌症无法继续工作且处于医疗期，用人单位通常应支付经济补偿，并可能需支付医疗补助费（尽管协议解除可能不直接触发，但实践中可能根据具体情况判断）。
违法解除的后果：
- 若用人单位违反上述规定，在医疗期内解除劳动合同（包括协议解除被认定为无效的情况），则构成违法解除。此时，用人单位需按照《劳动合同法》第八十七条的规定，向员工支付双倍的经济补偿金，即按员工在本单位工作年限，每满一年支付两个月工资的标准向劳动者支付赔偿金。此情况下不直接涉及医疗补助费，但赔偿金已是对员工的一种较高补偿。
二、医疗期满后解除劳动合同的情况
合法解除与补偿：
- 医疗期届满后，若员工因癌症无法从事原工作或由用人单位另行安排的工作，用人单位可提前三十日以书面形式通知员工或额外支付一个月工资后解除劳动合同。
- 在此情况下：用人单位需支付经济补偿金，同时，根据相关规定，还需支付不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病的员工，增加部分不低于医疗补助费的百分之五十；对于患绝症（如癌症晚期）的员工，增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
经济补偿金标准：
- 经济补偿金按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的“月工资”指员工离职前十二个月的平均工资。
- 对于月薪高于当地职工月平均工资三倍的员工，经济补偿金的标准为三倍月工资，但支付年限最高不超过十二年。
三、特殊情况与建议
- 协议解除的具体内容：协议解除劳动合同的具体条款对是否支付医疗补助费有重要影响。若协议中明确约定了医疗补助费的支付，则应按约定执行。
- 协商与维权：无论何种情况，员工在遭遇解除劳动合同时，首先应与用人单位进行协商，尝试通过和解方式解决争议。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
总结：患癌症治疗期间协议解除劳动合同是否需要支付医疗补助费，需根据具体情况判断。在医疗期内，协议解除可能因违反法律强制性规定而无效或需支付较高赔偿金；医疗期满后，若员工因癌症无法继续工作，用人单位在合法解除劳动合同的同时，需支付经济补偿金和医疗补助费。员工在维权过程中应充分了解自己的权益和法律途径，确保自身合法权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。