结论：员工在医疗期间与公司协商解除劳动合同，是否有医疗补助费，需根据解除合同的时机及具体情形来判断。若在医疗期内被违法解除，员工可获得双倍经济补偿，但通常不享有医疗补助费；若医疗期满后满足特定条件解除合同，则员工除经济补偿外，还可能获得医疗补助费。
一、医疗期内解除合同的法律规定与赔偿
法律限制：
- 根据《劳动合同法》第四十二条，员工患病或非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依据第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在医疗期内，公司不能随意解除与你的劳动合同。
违法解除的赔偿：
- 若公司违反规定在医疗期内解除劳动合同，属于违法解除。
- 根据《劳动合同法》第八十七条，公司应依照第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。赔偿金计算标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿，并乘以2作为赔偿金。
医疗补助费情况：
- 在医疗期内违法解除劳动合同的情况下，通常不支付医疗补助费。因为医疗补助费主要是针对医疗期满后，员工因患病或非因工负伤不能从事原工作及用人单位另行安排的工作而解除合同的情况。
二、医疗期满后解除合同的法律规定与补偿
合法解除的条件：
- 员工医疗期满后，不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作。
- 公司需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。
经济补偿与医疗补助费：
- 公司需按照《劳动合同法》第四十七条的规定支付正常的经济补偿金。
- 同时，根据相关规定，公司还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病和绝症的员工，医疗补助费还需相应增加。具体来说，患重病者增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症者增加部分不低于100%。
医疗补助费的支付条件限制：
- 医疗补助费的支付需结合当地政策、劳动合同约定及实际情况综合判断。不同地区可能对医疗补助费的具体标准和支付方式有所差异。
三、实际操作与建议
- 了解自身权益：在面临医疗期内或医疗期满后解除合同的情况时，你应首先了解自身权益，包括经济补偿金和医疗补助费的支付条件和标准。
- 与公司协商：如果公司提出解除劳动合同，你可以与公司协商经济补偿金和医疗补助费的支付事宜。在协商过程中，你可以依据相关法律法规和政策来维护自己的合法权益。
- 保留证据：无论协商结果如何，你都应保留好相关证据，如劳动合同、医疗证明、解除劳动合同通知书等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果你对公司的解除行为或经济补偿金、医疗补助费的支付有异议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，员工在医疗期间与公司协商解除劳动合同后的权益保障，需根据具体情况进行细致分析。在医疗期内被违法解除，主要获得双倍经济补偿；而医疗期满后满足条件解除，则可能同时获得经济补偿和医疗补助费。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。