公司怀疑员工吃回扣，不可以直接起诉，但可以采取一系列合法措施来调查和处理此事。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律程序与起诉条件

1. 起诉条件：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须满足有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等条件。在公司仅怀疑员工吃回扣，而未掌握确凿证据的情况下，直接起诉可能因缺乏事实依据而被法院驳回。

2. 证据收集：

   • 在起诉前，公司需要收集充分的证据来证明员工确实存在吃回扣的行为。这可能包括财务记录、交易凭证、证人证言等。没有确凿证据，起诉将难以成立。

二、公司可采取的合法措施

1. 内部调查：

   • 公司可以成立专门的调查小组，对涉嫌吃回扣的员工进行内部调查。调查过程中，应确保程序合法，尊重员工的合法权益，避免侵犯员工的隐私权等。

2. 报警处理：

   • 如果公司怀疑员工吃回扣的行为涉嫌犯罪（如职务侵占罪、非国家工作人员受贿罪等），可以向公安机关报案。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。

3. 劳动仲裁或诉讼：

   • 如果公司能够证明员工存在违反公司规章制度或劳动合同的行为（如贪污、受贿等），且这些行为给公司造成了损失，公司可以依据《中华人民共和国劳动法》或《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，要求员工赔偿损失。但同样，这需要公司有充分的证据来支持其主张。

三、法律后果与风险提示

1. 员工权益保护：

   • 在调查和处理过程中，公司应确保员工的合法权益不受侵犯。如果公司采取非法手段进行调查或处理，可能会面临法律责任，如侵犯员工隐私权、名誉权等。

2. 公司声誉风险：

   • 如果公司未经充分调查就公开指责员工吃回扣，可能会对公司的声誉造成负面影响。因此，公司在采取任何行动前都应谨慎考虑，并确保有充分的证据支持其主张。

四、建议与行动指南

1. 加强内部管理：

   • 公司应建立健全的内部控制制度，加强对员工行为的监督和管理，防止类似事件的发生。

2. 及时咨询专业律师：

   • 如果公司怀疑员工吃回扣，但不确定如何处理或担心法律风险，应及时咨询专业律师。律师将根据公司具体情况提供法律建议，并协助公司制定合适的处理方案。

3. 保留证据：

   • 在调查过程中，公司应妥善保留所有相关证据，以备不时之需。这些证据将在后续的劳动仲裁或诉讼中发挥重要作用。

总结来说，公司怀疑员工吃回扣时，不能直接起诉，但可以通过内部调查、报警处理或劳动仲裁/诉讼等合法途径来维护自身权益。在处理过程中，公司应确保程序合法、尊重员工权益，并咨询专业律师以降低法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。