公司怀疑员工流水有问题，一般不能直接起诉，但可以采取其他合法措施来处理此事。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司不能直接起诉的原因
在法律上，起诉通常需要有明确的法律依据和事实理由，且针对的是具体的违法行为或侵权行为。公司怀疑员工流水有问题，这仅仅是一种怀疑，并未构成确凿的证据来证明员工存在违法行为。因此，公司不能仅凭怀疑就直接向法院起诉员工。
二、公司可以采取的合法措施
内部调查：
- 公司可以启动内部调查程序，对员工的流水情况进行详细审查。这包括要求员工提供相关的银行流水记录、解释流水异常的原因等。
- 在调查过程中，公司应确保调查的合法性和合规性，避免侵犯员工的隐私权或其他合法权益。
与员工沟通：
- 如果公司发现员工的流水确实存在异常，可以与员工进行沟通，了解具体情况。
- 在沟通过程中，公司应保持冷静和理性，避免对员工进行无端的指责或威胁。
依据规章制度处理：
- 如果公司内部有明确的规章制度，且规章制度中规定了对于员工流水异常的处理方式，公司可以依据规章制度对员工进行处理。
- 但需要注意的是，规章制度必须合法有效，且处理方式必须合理公正。
报警或提起劳动仲裁（如涉及违法行为）：
- 如果公司有确凿的证据证明员工存在违法行为，如贪污、挪用资金等，公司可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。
- 如果员工的行为违反了劳动合同或相关法律法规，且给公司造成了损失，公司也可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，要求员工承担相应的法律责任。但这一步骤同样需要确凿的证据支持。
三、法律建议
- 确保调查合法合规：公司在对员工流水进行调查时，应确保调查的合法性和合规性，避免侵犯员工的合法权益。
- 保留证据：如果公司发现员工流水确实存在问题，应尽可能保留相关证据，以便在后续的处理过程中提供有力的支持。
- 寻求专业法律帮助：如果公司在处理员工流水问题时遇到法律难题或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助，以确保公司的权益得到妥善保护。
总结来说，公司怀疑员工流水有问题时，不能直接起诉员工，但可以通过内部调查、与员工沟通、依据规章制度处理以及报警或提起劳动仲裁等合法措施来处理此事。在处理过程中，公司应确保合法合规，并尽可能保留相关证据以支持后续的处理工作。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。