员工吃回扣后，公司不能用工资抵扣该回扣，且员工仍可能面临被起诉的风险。以下从不同角度为您详细分析：

一、工资抵扣回扣的合法性

1. 工资性质：工资是员工提供劳动后应得的报酬，属于员工的合法财产。根据《劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。

2. 回扣性质：回扣通常指员工在业务活动中，违反公司规定或法律法规，私下收受的财物或利益。这种行为可能构成职务侵占、受贿等违法行为。

3. 抵扣的非法性：由于工资和回扣在性质上完全不同，公司不能用员工的工资来抵扣其吃回扣的金额。这种做法不仅违反了劳动法的规定，也可能侵犯员工的合法权益。

二、员工吃回扣可能面临的法律后果

1. 民事责任：如果员工吃回扣的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。但这并不意味着公司可以用员工的工资来抵扣赔偿金额，而是需要通过法律途径来追偿。

2. 行政责任：根据相关法律法规，员工吃回扣的行为可能受到行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

3. 刑事责任：如果员工吃回扣的行为情节严重，可能构成职务侵占罪、非国家工作人员受贿罪等犯罪，将面临刑事追究。在这种情况下，员工不仅可能被判处罚金，还可能被判处有期徒刑等刑罚。

三、公司的应对措施

1. 内部调查：公司发现员工吃回扣的行为后，应首先进行内部调查，核实事实情况。

2. 依法处理：根据调查结果，公司应依法对涉事员工进行处理，如解除劳动合同、要求赔偿损失等。同时，公司应向相关部门报告，以便依法追究员工的法律责任。

3. 完善制度：为防止类似事件再次发生，公司应完善内部管理制度，加强对员工的监督和管理。

四、建议

1. 对于员工：应严格遵守公司规定和法律法规，不得从事任何违法违规的行为。如果发现自己或同事存在吃回扣等违法行为，应及时向公司报告或向相关部门举报。

2. 对于公司：应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平。同时，公司应建立健全内部管理制度和监督机制，确保公司的合法合规运营。

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