若起诉员工吃回扣但供应商不承认，案件走向及应对策略如下：

1. 证据链完整性决定案件结果
   供应商不承认仅是单方陈述，法院不会直接采信。关键在于原告（公司）能否提供完整证据链证明回扣事实：

   • 直接证据：如员工与供应商的书面协议、转账记录（标注“回扣”）、录音录像中双方承认回扣的对话；
     
   • 间接证据：如员工与供应商的密切往来记录（如频繁通话、共同出行）、公司财务异常（如某供应商报价显著高于市场价）、员工消费水平突然提升等；
     
   • 证人证言：如其他员工目击员工收受财物，或供应商内部人员（如离职员工）作证。
     若证据充分，即使供应商否认，法院仍可能认定回扣事实；若证据不足，则可能败诉。

2. 供应商不承认的应对策略

   • 申请法院调查取证：若公司无法获取关键证据（如供应商银行流水），可申请法院向银行、通信运营商等调取记录；
     
   • 追究供应商连带责任：若供应商与员工串通（如共同伪造合同），可同时起诉供应商构成“损害公司利益责任纠纷”，要求其赔偿损失；
     
   • 刑事报案辅助民事诉讼：若回扣金额较大（通常6万元以上），可向公安机关报案指控员工“非国家工作人员受贿罪”，刑事程序中获取的证据（如供述、账目审计）可用于民事诉讼。

3. 公司内部管理漏洞的补救
   即使胜诉，公司也需反思内部风控：

   • 完善采购流程：如实行“双人采购制”、供应商比价公示、合同审批留痕；
     
   • 加强员工合规培训：明确回扣的法律后果（如刑事责任、行业禁入）；
     
   • 建立举报机制：对内部举报人给予奖励并保密，形成监督压力。

行动建议：立即整理现有证据（如财务记录、通信记录），评估证据充分性；若证据不足，优先通过刑事报案固定证据；同步完善公司内部合规制度，降低未来风险。如有具体证据材料，可进一步分析案件走向。