结论：员工贪污一万元，公司是有权向司法机关报案并追究其法律责任的。
详细分析：
贪污行为的法律性质：
- 贪污行为通常涉及职务侵占或挪用资金等违法行为，这些行为在《中华人民共和国刑法》中有明确的规定。具体来说，如果员工利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有，数额较大的，可能构成职务侵占罪；如果员工挪用公司资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，则可能构成挪用资金罪。
贪污一万元的法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪和挪用资金罪的数额较大标准，通常根据地区经济发展水平和司法实践来确定。虽然具体数额标准可能因地区而异，但一万元在很多地区已经达到了数额较大的标准，因此员工可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役或罚金等。
公司的权利与义务：
- 作为受害方，公司有权向司法机关报案，并提供相关证据以支持其指控。公司也有义务配合司法机关的调查工作，提供必要的协助和信息。在报案前，公司应确保收集到足够的证据来证明员工的贪污行为，如财务记录、监控录像、证人证言等。
法律程序与建议：
- 一旦公司决定报案，应尽快向当地公安机关提交报案材料，并详细说明员工的贪污行为、涉案金额以及相关证据。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。
- 在法律程序进行过程中，公司应保持与司法机关的密切沟通，及时了解案件进展，并根据需要提供进一步的协助。公司也应考虑采取内部措施，如加强财务管理、完善内部控制制度等，以防止类似事件的再次发生。
后续行动建议：
- 如果公司发现员工有贪污行为，应立即收集相关证据，并尽快向司法机关报案。
- 在报案前，公司可以咨询专业律师的意见，以确保报案材料的完整性和准确性。
- 在法律程序进行过程中，公司应积极配合司法机关的工作，并提供必要的协助和信息。
- 公司应加强内部管理，完善财务制度和内部控制机制，以防范类似风险的发生。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。