结论：员工贪了2000元，公司是可以考虑通过法律途径来维护自身权益的，但具体是否起诉以及起诉的罪名和方式，需要根据实际情况来判断。

一、法律角度分析

1. 职务侵占罪：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。然而，职务侵占罪的立案标准通常较高，一般要求侵占的财物数额达到一定标准（如6万元以上，具体标准可能因地区而异），才构成犯罪。因此，仅贪污2000元，通常不构成职务侵占罪。

2. 盗窃罪或其他罪名：

   • 如果员工的行为不符合职务侵占罪的构成要件，但符合盗窃罪等其他罪名的构成要件，且数额达到当地盗窃罪的立案标准，那么公司可以考虑以盗窃罪等罪名起诉员工。不过，2000元是否达到盗窃罪的立案标准，也需根据当地的具体规定来判断。在一些地区，盗窃罪的立案标准可能较低，2000元可能已达到立案标准；而在另一些地区，则可能未达到。

3. 民事赔偿：

   • 即使员工的行为不构成犯罪，公司仍然有权要求员工返还侵占的财物，并可以依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求员工承担民事赔偿责任。这通常是通过民事诉讼的方式来实现的。

二、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 在决定是否起诉之前，公司应首先收集充分的证据来证明员工确实存在贪污行为，以及贪污的具体数额。这可能包括财务记录、监控录像、证人证言等。

2. 咨询律师：

   • 由于法律问题的复杂性，公司在决定是否起诉以及如何起诉之前，应咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况，为公司提供法律建议和诉讼策略。

3. 考虑内部处理：

   • 在决定是否通过法律途径解决之前，公司也可以考虑内部处理的方式，如与员工进行协商、给予纪律处分等。这可能更有助于维护公司的声誉和员工关系。

三、可能面临的法律后果

1. 如果起诉并胜诉：

   • 如果公司决定起诉员工并胜诉，员工可能需要承担刑事责任（如果构成犯罪）或民事责任（如返还财物、赔偿损失等）。

2. 如果起诉但败诉：

   • 如果公司起诉员工但败诉，公司可能需要承担诉讼费用，并可能面临声誉受损等后果。因此，在决定起诉之前，公司应充分评估胜诉的可能性。

最后，建议公司在面对此类问题时，保持冷静和理性，根据实际情况和法律规定来做出决策。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。