专利以公司名义申请后，离职后的归属问题需根据是否为职务发明创造以及是否存在特别约定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、职务发明创造的情况
定义与范围：
- 职务发明创造是指员工在执行本单位的任务或主要利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造。这包括在本职工作中、履行单位交付的额外任务中，以及退休、调离原单位后或劳动、人事关系终止后1年内与其原工作相关的发明创造。例如，某软件公司的程序员，在工作期间按照公司要求开发一款新的办公软件，该程序员在开发过程中所产生的相关发明创造就属于职务发明创造。
专利权归属：
- 根据《中华人民共和国专利法》第六条，职务发明创造申请专利的权利属于单位，申请被批准后，单位为专利权人。这意味着，即使员工参与了发明创造的过程，但专利权归公司所有，员工个人不能主张对该职务发明创造的专利权。员工离职不改变这一权属关系。
员工权益：
- 尽管专利权归公司，但依据《中华人民共和国专利法》第十五条，被授予专利权的单位应当对职务发明创造的发明人或者设计人给予奖励；发明创造专利实施后，根据其推广应用的范围和取得的经济效益，对发明人或者设计人给予合理的报酬。国家鼓励被授予专利权的单位实行产权激励，采取股权、期权、分红等方式，使发明人或者设计人合理分享创新收益。
特别约定：
- 如果公司与发明人之间有特别的合同约定，对专利权利的归属进行了不同于法律规定的安排，那么应遵循该约定。例如，在劳动合同或专门的协议中明确规定，员工在职期间完成的某些特定类型的发明创造，其专利权归属可以由双方协商确定。但这种约定不得违反法律法规的强制性规定，且需要在平等、自愿的基础上达成。
二、非职务发明创造的情况
定义与范围：
- 非职务发明创造是指与员工本职工作无关，且未利用公司物质技术条件完成的发明创造，或者虽然利用了公司物质技术条件，但与公司有明确合同约定专利归属员工的情形。例如，一位机械工程师在业余时间，利用自己购买的工具和材料，独立设计和制造了一种新型的家用小工具，该发明创造就属于非职务发明创造。
专利权归属：
- 在这种情况下，申请专利的权利属于发明人或设计人，申请被批准后，发明人或设计人为专利权人。员工离职后，专利权仍归员工个人所有。
证据要求：
- 员工需提供充分证据来证明其发明创造属于非职务发明创造，以确保其专利权的合法性。这可能包括工作记录、项目文档、购买工具和材料的发票等。
三、离职后的影响与建议
- 对于职务发明创造，员工离职不影响专利权的归属，专利权仍归公司所有。但员工有权根据公司规定及相关法律法规获得相应的奖金或报酬（如有约定）。
- 对于非职务发明创造，员工离职后可直接享有其专利权。
- 无论何种情况，建议公司和员工在签订劳动合同时明确专利权的归属约定，以避免后续纠纷。同时，公司也应建立健全的专利管理制度，及时申请和保护职务发明专利权，以维护自身的合法权益。
综上所述，专利以公司名义申请后，其离职后的归属需根据是否为职务发明创造以及是否存在特别约定来综合判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。