针对您提出的“公司申请的专利离职后怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律、合同以及双方权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、专利归属的判断
首先，我们需要明确专利的归属，这主要取决于专利是否为职务发明以及双方是否存在特殊约定。
职务发明：
- 根据《中华人民共和国专利法》第六条，执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。这包括在本职工作中作出的发明创造、履行本单位交付的本职工作之外的任务所作出的发明创造，以及退休、调离原单位后或者劳动、人事关系终止后1年内作出的，与其在原单位承担的本职工作或者原单位分配的任务有关的发明创造。
- 职务发明创造的专利权归公司所有，员工离职不改变这一归属。
非职务发明：
- 如果专利是在离职后独立完成的，且与原单位工作无关，则该专利属于离职员工个人所有。
特殊约定：
- 若员工与公司签订了合同，对申请专利的权利和专利权的归属作出了特别约定，则应按照合同约定执行。
二、员工离职时的义务与权利
保密义务：
- 离职员工对在工作期间知悉的公司专利技术等商业秘密负有保密义务。违反保密义务给公司造成损失的，需承担赔偿责任。
不得侵权：
- 离职员工不能擅自使用公司的专利技术用于生产经营等活动，否则构成专利侵权。公司有权要求停止侵权行为并赔偿损失。
获得奖励或报酬：
- 对于职务发明，员工可以根据公司规定或双方约定获得相应的奖励或报酬。
三、离职时的沟通与处理建议
明确告知公司：
- 在办理离职手续时，员工应明确告知公司关于发明专利的相关事宜，包括专利的情况、后续可能的使用等。
签订协议：
- 为了保障双方权益，离职员工应与公司协商签订相关协议，明确专利的使用许可、收益分配等权利和义务。这有助于避免未来可能出现的纠纷。
友好协商：
- 如有专利相关事宜的疑问或想法，如希望继续参与相关技术研发等，可与原公司进行友好协商。双方可以探讨合作的可能性或达成其他共识。
四、纠纷解决途径
寻求调解或仲裁：
- 若双方就专利归属、保密义务履行等方面出现纠纷，在协商不成的情况下，可以寻求第三方调解机构进行调解。如劳动合同或相关协议中有仲裁条款，也可向仲裁机构申请仲裁。
诉讼途径：
- 如果调解或仲裁无法解决问题，任何一方都可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张。
五、后续跟进与注意事项
- 离职后，员工应关注公司对专利的处理情况。如发现公司侵犯了自己的专利权或未按照约定支付奖励报酬等，应及时通过法律途径维护自身合法权益。
- 同时，员工也应遵守保密义务和不得侵权的规定，避免给自己和原公司带来不必要的法律风险。
综上所述，处理公司申报的专利在离职后的相关问题，需综合考虑专利的性质（职务发明或非职务发明）、双方是否存在特殊约定以及法律法规的规定。员工在离职时应与公司做好沟通并签订相关协议，以明确双方的权利和义务，并在必要时通过法律途径维护自身权益。希望这些解答能对您有所帮助！