针对您提出的“员工申请专利离职怎么办”的问题，这是一个涉及职务发明、劳动合同以及知识产权归属的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、确认专利申请情况与归属
专利已授权：
- 若该专利属于职务发明（即在工作期间因履行工作职责完成的发明），则专利申请权及后续的专利权通常归公司所有。
- 离职后，您一般不能自行处置该专利，但公司应根据相关法律法规及公司内部规定，给予您相应的报酬或奖励。
专利尚未授权：
- 若您参与了该专利申请的实质性工作，且专利尚未授权，您需要仔细查看与公司签订的劳动合同、保密协议等相关文件。
- 这些文件中可能包含关于离职后专利申请权益的约定，如是否有权继续跟进专利申请、专利授权后的利益分配等。
二、依据约定处理专利事宜
有明确约定：
- 若劳动合同或相关协议中有明确约定离职后专利相关权益的归属或处理方式，您应按照约定执行。
- 例如，若约定离职后您有权继续跟进专利申请直至授权，您就可按此操作，并确保与公司保持沟通，及时提供所需资料。
约定模糊不清：
- 若约定模糊不清或没有相关约定，您可与公司进行协商，明确离职后专利申请的相关事宜。
- 协商内容可能包括是否由您支付后续可能产生的费用、专利授权后您能获得的利益分配等。
三、协商不成时的法律途径
劳动争议仲裁：
- 若与公司协商不成，您可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，请求确认您在专利申请中的权益。
- 仲裁机构将根据相关法律法规及事实情况，作出公正的裁决。
诉讼途径：
- 若对仲裁结果不满，您还可通过诉讼途径维护自身权益。
- 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来支持自己的主张，如劳动合同、保密协议、专利申请文件等。
四、离职后的配合义务
- 无论专利申请情况如何，离职后您都应按公司要求做好相关技术交接等配合工作。
- 这有助于确保专利申请的顺利进行，同时也有助于维护您与公司之间的良好关系。
五、注意事项与建议
保留相关证据：
- 在处理专利事宜过程中，您应保留好所有相关证据，如劳动合同、保密协议、专利申请文件、沟通记录等。
- 这些证据将在协商、仲裁或诉讼过程中发挥重要作用。
咨询专业律师：
- 若您对专利事宜的处理存在疑问或不确定，建议咨询专业律师。
- 律师将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和建议。
综上所述，员工申请专利后离职的处理方式需依据专利申请情况、劳动合同及相关协议的约定来确定。在处理过程中，您应保留好相关证据，与公司进行充分沟通，并在必要时寻求法律途径的帮助。希望这些解答能对您有所帮助。