结论：房子原来只有一层，是否可以申请增加两层并合法，这主要取决于当地的城乡规划、建筑法规以及房屋产权的具体情况。以下从多个角度进行分析：

1. 城乡规划与建筑法规：

   • 规划许可：根据《城乡规划法》及相关地方性法规，任何建设行为，包括房屋的加层、扩建等，都需要事先获得城乡规划主管部门的规划许可。未经许可擅自进行建设，属于违法行为，可能会面临责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚。
   • 建筑安全：即使获得了规划许可，还需要确保加层后的房屋结构安全，符合建筑安全标准。这通常需要专业的建筑设计单位进行设计和评估，并可能需要获得建设主管部门的施工许可。

2. 房屋产权与相邻关系：

   • 产权限制：房屋产权人虽然对自己的房屋享有占有、使用、收益和处分的权利，但这种权利的行使不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害他人的合法权益。如果加层行为违反了当地的城乡规划或建筑法规，即使产权人同意，也可能因违法而无效。
   • 相邻关系：加层行为还可能影响到相邻房屋的通风、采光、日照等权益。根据《民法典》中关于相邻关系的规定，产权人在行使自己的权利时，应当尽量避免对相邻方造成损害。如果加层行为确实对相邻方造成了损害，相邻方有权要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。

3. 实际操作建议：

   • 咨询规划部门：在决定加层前，应首先咨询当地的城乡规划主管部门，了解加层是否符合当地的城乡规划要求，以及需要办理哪些手续。
   • 委托专业设计：如果规划部门同意加层，应委托专业的建筑设计单位进行设计和评估，确保加层后的房屋结构安全。
   • 办理施工许可：根据设计单位的设计方案和评估报告，向建设主管部门申请施工许可，并按照许可的要求进行施工。
   • 考虑相邻权益：在加层过程中，应充分考虑相邻房屋的通风、采光、日照等权益，避免对相邻方造成损害。如果可能的话，可以与相邻方进行协商，达成一致意见后再进行施工。

可能后果：如果未经许可擅自进行加层建设，可能会面临城乡规划主管部门的行政处罚，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等。同时，如果加层行为对相邻方造成了损害，还可能面临相邻方的民事诉讼和赔偿要求。

总结与建议：房子原来只有一层，想要申请增加两层并合法，需要综合考虑城乡规划、建筑法规以及房屋产权和相邻关系等多个因素。建议在进行加层前，先咨询当地的城乡规划主管部门和专业的建筑设计单位，了解相关要求和手续，并按照规定办理相关许可和手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。