关于农村建房在原有一层房屋上加盖一层是否合法的问题，这主要取决于是否遵循了相关的法律法规和审批程序。以下是我为您提供的详细解答：
一、合法加盖的核心条件
取得必要的审批手续：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，进行房屋加盖必须向当地城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。这是加盖行为合法性的基础。
- 除了规划许可证，根据具体情况，可能还需要取得施工许可证等其他相关证件。这些证件的取得，确保了加盖行为符合城乡规划和建筑安全标准。
符合规划要求：
- 加盖部分必须严格遵守当地的城乡规划条件，包括土地使用性质、建筑高度限制、建筑间距等。若加盖后违反了这些规划要求，如影响了周边建筑的采光、通风等权益，加盖行为可能被视为违法。
- 特别是关于建筑高度的限制，若所在区域有明确的规划标准，业主在加盖前必须确认加盖后的总高度是否符合规定。
确保结构安全：
- 加盖一层可能涉及原房屋主体结构和承重结构的变动。因此，在进行加盖前，必须进行专业的结构安全评估，并确保得到相关部门的批准。
- 若加盖过程改变了原房屋的结构且未经批准，导致房屋存在安全隐患，这种加盖行为是不被允许的，并可能被认定为违建。
二、违法加盖的后果
- 若未经批准擅自加盖，或加盖行为不符合规划要求、结构安全标准等，相关部门有权责令停止建设、限期改正。
- 逾期不改正的，相关部门可能依法对加盖部分进行拆除，并可能对业主处以罚款等行政处罚。
三、建议与指导
咨询相关部门：
- 在进行房屋加盖前，业主应咨询当地城乡规划主管部门、建设部门等相关机构，了解具体的审批流程和要求。
准备必要材料：
- 根据咨询结果，准备申请建设工程规划许可证、施工许可证等所需的所有材料，如房产证、身份证、设计图纸等。
严格按照审批要求进行建设：
- 获得审批后，业主应严格按照审批通过的设计方案和施工规范进行加盖建设，确保加盖行为合法合规。
关注政策变化：
- 部分地区可能有针对房屋改造、加盖的特殊政策。业主应关注当地政策变化，确保自己的行为符合最新政策要求。
综上所述，农村建房在原有一层房屋上加盖一层是否合法，关键在于是否履行了合法的审批程序、是否符合规划要求以及是否确保了结构安全。业主在进行加盖前，应充分了解相关法律法规和政策规定，并咨询专业人士的意见，以确保自己的行为合法合规。