关于农村建房在原来的基础上加一层是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个方面的因素。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性核心：是否获得政府批准
农村建房在原有基础上加层，其合法性的关键在于是否获得了政府相关部门的批准，并办理了合法的建设手续。根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何建筑物、构筑物的改建、扩建都需要向城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。未经批准擅自加层，将构成违法行为，可能面临罚款、恢复原状乃至刑事责任等法律后果。
二、规划法规的遵循
法律依据：如前所述，《中华人民共和国城乡规划法》是判断加层行为是否合法的主要法律依据。该法规定，进行建筑物改建、扩建等工程建设，必须申请办理建设工程规划许可证，并提交相关证明文件和设计方案。
违法性分析：农村建房加层属于对原建筑物的改建行为，若未取得规划许可证即进行加层，将直接违反城乡规划法，改变建筑原有规划和布局，属于非法建设。
三、安全隐患的考量
结构安全：农村房屋设计之初已确定其承载能力和结构稳定性。擅自加层会增加建筑荷载，可能导致基础沉降、墙体裂缝等安全问题，严重威胁居民生命财产安全。
消防安全：加层后建筑高度、人员密度增加，若消防设施未同步升级，将难以满足新的消防需求，存在重大火灾隐患。
四、相邻权益的保护
采光、通风与日照：根据《中华人民共和国民法典》，建造建筑物不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。加层行为若导致相邻住户这些基本生活权益受损，将构成侵权。
视线与隐私：加层还可能遮挡相邻业主的视线，侵犯其隐私空间，引发邻里纠纷。
五、合法加层的路径
审批流程：在特定情况下，如农村危房改造或新农村建设等项目中，加层可能获得批准。但前提是必须严格履行审批程序，包括向规划、建设、消防等部门提交申请，并获得相应的许可证件。
合规要求：加层设计、施工需符合国家和地方的相关规范标准，确保建筑结构安全、消防设施齐全有效，同时保障相邻业主的合法权益不受侵害。
六、指导建议
法律咨询：在进行农村建房加层前，务必咨询专业律师或法律顾问，了解相关法律法规和政策要求。
合规操作：严格按照法定程序办理审批手续，确保加层行为的合法性和合规性。
风险评估：对加层可能带来的安全风险、相邻关系影响等进行全面评估，并采取有效措施予以防范和化解。
综上所述，农村建房在原来的基础上加一层并非简单的建筑行为，而是涉及多个法律领域的复杂问题。只有在充分了解和遵守相关法律法规的前提下，才能确保加层行为的合法性和安全性。因此，我建议您在进行加层前务必咨询相关部门并办理合法手续。