农村宅基地建三层房屋是否合法，需根据当地的具体规定和审批情况来确定，但普遍建议不超过3层。以下从多个角度为你详细分析：
一、全国性法律框架与基本原则
虽然全国范围内没有统一的法律规定明确农村宅基地可建的具体层数，但《中华人民共和国城乡规划法》和《村庄和集镇规划建设管理条例》等法律法规为农村建房提供了基本的法律依据。这些法规强调农村建房应当符合乡村规划，确保安全、合理利用土地，并注重保护耕地。基于农村房屋结构特点和抗震性能考虑，一般建议农村宅基地上建房最高不超过3层，层高建议在2.6米到3.3米之间。
二、地方性具体规定
各地根据土地资源状况、地质条件、人口密度等实际情况，制定了适合本地区的农村宅基地建房层数规定。以下是一些典型的地方性规定示例：
- 福建：明确规定农村自建房层数不得超过3层。
- 江苏：农村新建自建房原则上不得超过3层。
- 山东：农村宅基地建筑层数一般为两层以下，不得超过三层；层高一般不超过3.5米。
因此，在准备建房前，务必咨询当地住建局或相关政府部门，了解具体的政策内容和要求。
三、申请审批与建房注意事项
- 审批手续：农村居民在宅基地上建房，必须经过严格的申请审批程序。在审批过程中，当地政府部门会依据相关规定对建房的层数、面积、高度等进行审核。未批先建将面临法律责任，包括责令整改、行政处罚等。
- 一户一宅：农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。这是保障农村土地资源合理分配和利用的重要原则。
- 禁止占用耕地：严禁在耕地上建房，以保护国家的粮食安全和农业生产的可持续性。
- 专业设计与施工：对于建设3层及以上或经营性住房的农民，必须由专业团队进行设计、施工，并确保完成相关部门的验收。这是保障房屋质量和居住安全的重要举措。
四、违规建房的后果
如果建房者违反规定超层数建设，可能会面临以下后果：
- 责令整改：相关部门会要求建房者对超出规定层数的部分进行拆除或整改，以符合规定。
- 行政处罚：可能会被处以罚款等行政处罚。
- 无法办理产权登记：超层数建设的房屋可能无法获得合法的产权证书，这将影响房屋的合法性和后续的权益保障。
五、实际操作建议
- 咨询当地政策：在准备建房前，务必咨询当地住建局或相关政府部门，了解具体的政策内容和要求。
- 寻求专业帮助：可以寻求专业的律师或建筑师的帮助，以确保建房计划符合相关法律法规和政策要求。
- 遵守审批流程：严格按照审批流程进行建房申请和施工，确保建房行为的合法性和安全性。
总结来说，农村宅基地建三层房屋是否合法需根据当地的具体规定和审批情况来确定。为了确保建房行为的合法性和安全性，建议你务必了解并遵守当地的相关规定和要求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。