农村自建房加盖三层出租是否合法，需分情况讨论：

1. 加盖行为本身的合法性

   • 规划许可：根据《城乡规划法》的相关规定，农村自建房若需加盖，必须首先取得乡村建设规划许可证。若未取得该许可而擅自加盖，则属于违法建设行为，加盖部分可能面临被责令拆除、罚款等行政处罚。
   • 建筑安全：加盖房屋还需确保建筑安全，符合建筑规范和标准。若加盖部分存在安全隐患，如结构不稳、消防不达标等，同样可能面临行政处罚，甚至在发生安全事故时需承担民事或刑事责任。

2. 出租行为的合法性

   • 产权清晰：在加盖行为合法的前提下，出租农村自建房还需确保产权清晰。即加盖部分需已取得合法的产权证明，或至少已明确产权归属，避免因产权纠纷影响出租行为的合法性。
   • 租赁合同：出租农村自建房时，应签订书面租赁合同，明确双方的权利义务，包括租金、租期、维修责任等。根据《民法典》的相关规定，租赁合同是保障双方权益的重要依据。
   • 用途限制：还需注意租赁用途是否符合当地规划和政策要求。例如，若当地规定农村自建房不得用于商业出租，则即使加盖行为合法，出租行为也可能因违反用途限制而无效。

3. 特殊情况下的合法性

   • 历史遗留问题：对于部分历史遗留的农村自建房加盖问题，若加盖行为发生在相关法律法规出台之前，且未对周边环境和公共安全造成严重影响，可能存在一定的合法性空间。但具体还需根据当地政策和实际情况进行判断。
   • 政策扶持：在某些地区，政府可能出台相关政策扶持农村自建房的改造和出租，以促进农村经济发展和农民增收。在此情况下，加盖出租行为可能享受一定的政策优惠和合法性保障。

法律建议：

• 在加盖农村自建房前，务必咨询当地规划部门，了解相关规划和政策要求，确保加盖行为合法合规。
• 加盖完成后，及时办理产权证明或明确产权归属，为出租行为提供合法依据。
• 出租时签订书面租赁合同，明确双方权利义务，避免纠纷发生。
• 密切关注当地政策和法规变化，及时调整出租行为，确保合法合规。

可能后果：

• 若加盖行为违法，可能面临被责令拆除、罚款等行政处罚，甚至影响个人信用记录。
• 若出租行为违法或存在纠纷，可能面临租金损失、法律诉讼等风险。

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