结论：农村宅基地建房审批为2层却盖3层，这一行为是否合法取决于是否取得了额外的审批手续并符合相关规划和标准。若未取得审批擅自加盖，则属于违法行为。

合法性分析

1. 合法情况：

   • 取得额外审批：若原本审批为2层，但后续因实际需要希望加盖至3层，必须重新向当地的乡（镇）人民政府提出申请，并经过县级人民政府批准，取得额外的建设工程规划许可证等必要文件。这些文件将明确加盖部分的建设位置、面积、层数等具体要求。
   • 符合规划和标准：加盖后的房屋（包括原有2层和加盖的1层）必须符合当地的乡村规划和宅基地建设标准，包括建筑面积、高度、间距等方面的规定，以确保不影响相邻房屋的合法权益和整体美观。

2. 不合法情况：

   • 未取得审批擅自建设：若未经任何审批流程私自加盖至3层，将违反《土地管理法》和《城乡规划法》的相关规定，属于违法建设行为。相关部门有权责令停止建设，甚至要求拆除违法加盖的部分。
   • 违反规划和标准：即使取得了部分审批，但在建设过程中未严格按照批准的规划和标准进行，如超出批准的建筑面积、高度或影响相邻房屋的采光、通风等，也将被视为不合法，需承担相应的法律责任。

法律依据与审批流程

• 法律依据：

  • 《中华人民共和国土地管理法》第六十二条明确了农村村民住宅用地的审批程序和要求，强调建住宅应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
  • 《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定了在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

• 审批流程（若需加盖）：

  1. 向乡（镇）人民政府提出加盖申请，提交相关材料，包括原有宅基地使用证、建房审批文件、加盖设计图纸等。
  2. 乡（镇）人民政府审核后，报县级人民政府批准，取得额外的建设工程规划许可证等审批文件。
  3. 涉及占用农用地的（若加盖部分需占用农用地），还需按法律规定办理额外的审批手续。

注意事项与建议

• 及时报建审批：若需加盖房屋，应尽快按照法定程序报建审批，确保建设活动的合法性和合规性。
• 遵守规划与标准：在建设过程中，应严格遵守批准的规划和标准，确保房屋的质量和安全，同时保护相邻房屋的合法权益。
• 配合执法检查：若遇到相关部门的执法检查，应积极配合并提供必要的文件和资料，以证明建设的合法性。
• 咨询专业意见：在加盖前，建议咨询当地村委会、乡镇政府或专业法律人士，了解具体的审批流程和要求，以及可能涉及的法律风险。

综上所述，农村宅基地建房审批为2层却盖3层，必须严格遵守相关法律法规和规划要求，依法办理审批手续并确保建设活动的合法性和合规性。任何未经审批或违反规划和标准的建设行为都将面临法律制裁和经济损失的风险。如果您有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。