结论前置：宅基地申请一层后能否起两层，关键在于是否依法办理了相关审批手续并符合当地规划和标准。未经审批擅自加盖或违反规划和标准建设的，均属于违法行为。
一、合法加盖二层的情况
取得审批手续：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，若想在宅基地上加盖二层，必须向当地的乡（镇）人民政府提出申请，并经过县级人民政府批准，取得建设工程规划许可证和宅基地用地审批等必要文件。
- 这些审批文件将明确房屋的建设位置、面积、层数等具体要求，是合法加盖二层的前提。
符合规划和标准：
- 加盖后的房屋必须符合当地的乡村规划和宅基地建设标准，包括建筑面积、高度、间距等方面的规定。
- 例如，某些地区可能规定宅基地上房屋的总高度不得超过一定数值，或者加盖部分不得影响相邻房屋的采光、通风等权益。
二、不合法加盖二层的情况
未取得审批擅自建设：
- 若未经任何审批流程私自加盖二层，将违反《土地管理法》和《城乡规划法》的相关规定，属于违法建设行为。
- 相关部门有权责令停止建设，甚至要求拆除违法加盖的部分，并可能处以罚款等行政处罚。
违反规划和标准：
- 即使取得了部分审批，但在建设过程中未严格按照批准的规划和标准进行，如超出批准的建筑面积、高度或影响相邻房屋的合法权益等，也将被视为不合法。
- 这种情况下，同样可能面临责令停止建设、限期改正或拆除等法律后果。
三、法律建议与注意事项
及时报建审批：
- 若您计划在宅基地上加盖二层，应尽快按照法定程序向当地乡（镇）人民政府提出申请，并提交相关材料。
- 涉及占用农用地的，还需按法律规定办理额外的审批手续。
遵守规划与标准：
- 在建设过程中，应严格遵守批准的规划和标准，确保房屋的质量和安全。
- 同时，也要保护相邻房屋的合法权益，避免因建设活动引发邻里纠纷。
配合执法检查：
- 若遇到相关部门的执法检查，应积极配合并提供必要的文件和资料，以证明建设的合法性。
- 若被认定为违法建设，应尽快采取措施进行整改或拆除，以避免更严重的法律后果。
咨询专业意见：
- 在进行宅基地加盖二层前，建议咨询当地村委会、乡镇政府或专业法律人士的意见，以确保行为的合法性和安全性。
总结：宅基地加盖二层必须依法办理相关审批手续并确保符合当地规划和标准。任何未经审批或违反规划和标准的建设行为都将面临法律制裁和经济损失的风险。因此，在进行宅基地加盖二层前，请务必了解并遵守相关法律法规和审批流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。