宅基地盖两层是否合法，主要取决于是否符合当地城乡规划、是否履行了审批手续以及建设过程是否遵守了相关规定。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法建设的前提
符合城乡规划：
- 在宅基地上盖两层前，需确保该行为符合当地的城乡规划要求，包括建筑的高度、间距、外观等方面都与规划保持一致。这是判断建设行为是否合法的基本前提。
履行审批手续：
- 按照《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国城乡规划法》的规定，您需要向当地的乡（镇）人民政府提出申请，并经过县级人民政府批准，取得建设工程规划许可证和宅基地用地审批等必要文件。这些文件将明确房屋的建设位置、面积、层数等具体要求。
- 审批流程通常包括向村委会提出申请，经村民会议或村民代表会议讨论通过后，再报乡镇政府审核，最终由县级人民政府批准。
二、可能被视为违建的情况
未经审批擅自建设：
- 若您未向相关部门提出申请或申请未获得批准就自行在宅基地上加盖两层，由于缺乏合法的手续，这种行为很可能会被认定为违建。
不符合规划和标准：
- 超出规定面积：各地对宅基地的面积及房屋的建筑面积有明确规定。若加盖两层后，房屋总面积超过当地标准，超出部分将被视为违建。
- 违反建筑规范：新建的两层房屋在设计、施工等方面需符合国家或地方的建筑安全、消防等规范要求。如结构设计不合理、影响消防安全通道等，都可能导致被认定为违建。
影响他人权益：
- 若加盖两层的行为影响了相邻权利人的合法权益，如通风、采光、排水等，也可能面临违建认定。例如，新建的两层房屋遮挡了邻居房屋的采光，且拒不整改，就可能被认定为违建。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若被认定为违建，相关部门有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违法建筑。此外，您还可能面临罚款等行政处罚。
建议：
- 提前咨询与审批：在决定是否在宅基地上盖两层之前，务必先了解并遵守当地的相关法规和政策。如有任何疑问或不确定的地方，应咨询当地的规划、土地或建设部门，以获得明确的指导和帮助。
- 遵守规划与标准：在建设过程中，应严格遵守批准的规划和标准，确保房屋的质量和安全，同时保护相邻房屋的合法权益。
- 配合执法检查：若遇到相关部门的执法检查，应积极配合并提供必要的文件和资料，以证明建设的合法性。
总结来说，宅基地盖两层是否合法，关键在于是否符合规划、是否履行了审批手续以及是否遵守了相关规定。为了确保您的建设行为合法合规，建议您在动工前务必咨询相关部门并办理好所有必要的手续。如果您在宅基地建设方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。