关于农村准建三层但只建了一层，后续再建是否合法的问题，结论需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
一、合法性判断的核心依据
是否获得合法审批：
- 若已获得完整审批：如果您在最初申请建房时，已经获得了相关部门批准建设三层的许可，并且该许可未过期或被撤销，那么后续继续建设剩余的两层是合法的。但需注意，建设过程中应严格遵守审批要求，包括建筑风格、高度、面积等。
- 若未获得完整审批或审批已过期：如果您最初只获得了建设一层的审批，或者审批文件已过期，那么后续继续建设将可能构成违法建设。此时，您需要重新申请审批，获得建设剩余两层的许可后，方可继续施工。
是否违反当地规划：
- 农村建房需符合当地土地利用总体规划和村庄规划。如果您的后续建设行为违反了这些规划，即使获得了审批，也可能面临被责令拆除或罚款的风险。因此，在建设前，务必了解并遵守当地规划要求。
二、可能面临的法律后果
若合法建设：
- 您将继续享有房屋的所有权和使用权，无需担心被拆除或罚款。
若违法建设：
- 责令拆除：相关部门有权责令您拆除违法建设的部分，恢复土地原状。
- 罚款：根据违法建设的情节和后果，您可能面临一定数额的罚款。
- 影响信用记录：违法建设行为可能被记录在您的信用记录中，影响您未来的贷款、审批等事项。
三、建议与措施
核实审批文件：
- 在继续建设前，务必核实您的审批文件是否有效，以及是否涵盖了建设三层的许可。
咨询当地规划部门：
- 了解当地土地利用总体规划和村庄规划的具体要求，确保您的建设行为符合规划。
及时补办审批手续：
- 如果发现审批文件不完整或已过期，应及时向相关部门申请补办审批手续，获得合法建设许可后再继续施工。
遵守建设规范：
- 在建设过程中，应严格遵守建筑安全、环保等规范要求，确保建设质量和安全。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。