在农村原有的房屋上加一层是否合法，这主要取决于是否遵循了相关的规划和审批流程。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法加层的前提
合法加层的核心在于是否满足相关规划和审批要求。在农村地区，虽然管理相对城市地区可能更为宽松，但建房仍需严格遵守乡村规划和宅基地使用标准。因此，若您打算在原有房屋上加一层，必须首先确保这一行为符合当地的乡村规划，并且已经获得了必要的审批。
二、未经审批加层的违法性
违反规划与建设法规：
- 根据相关法律法规，任何单位和个人进行建设（包括房屋加层）都必须向相关部门申请办理建设工程规划许可证。在农村地区，这通常意味着需要向村委会提出申请，并经乡镇政府相关部门审批。未经申请和获批私自加层，即属于违法行为。
法律后果：
- 未经审批的加层行为可能面临城乡规划主管部门的责令停止建设、限期拆除等处罚。若加层部分无法拆除，还可能面临没收实物或违法收入，并处以罚款。
- 违法加层还可能对房屋的结构稳定性造成影响，危及居住安全，甚至引发相邻关系纠纷，如采光、通风等问题。
三、合法加层的条件与流程
申请与审批：
- 若您有加层需求，应首先向当地规划、建设等相关部门提出申请。提交材料通常包括房屋产权证明、加层设计方案（含建筑结构、面积、高度等详细信息）以及宅基地使用证明等。
- 相关部门将依据乡村规划要求、房屋原有设计及周边环境等因素进行审核。审核通过并取得建设工程规划许可证等相关证件后，您方可按照批准的设计方案和施工规范进行加层建设。
符合相关标准：
- 加层部分必须符合建筑结构安全标准、消防安全标准等一系列技术标准。例如，加层结构需与原房屋结构相协调，确保整体结构安全可靠；同时应满足消防通道、防火间距等消防安全要求。
- 在农村地区，加层还需符合乡村规划和宅基地使用标准，且不得违反一户一宅政策。
四、特殊情况处理
- 对于农村地区符合一户一宅政策且所占宅基地符合相关规划的房屋，若您持有合法的土地使用权证或用地批文，可以申请翻建或扩建。但此过程同样需要经过乡（镇）政府及有关部门的审核审批。
五、总结与建议
在决定对农村原有房屋进行加层前，我建议您务必咨询当地相关部门，了解具体的法律规定和申请流程。确保您的加层行为符合乡村规划和宅基地使用标准，并且已经获得了所有必要的审批手续和许可证。这样可以避免可能的法律风险和安全隐患，确保您的加层行为既合法又安全。