结论：层高6米做两层是否合法，需根据房屋的具体规划用途、是否经过相关部门审批以及是否符合建筑安全标准等多方面因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 规划用途与审批角度：

   • 规划用途：首先，需要确认该房屋的规划用途。如果房屋规划为住宅，且当地规划部门对住宅的层高有明确限制（如普通住宅层高一般不超过3米），那么将6米层高的房屋擅自改为两层可能违反规划用途。
   • 审批手续：即使房屋层高允许改造，也需经过相关部门的审批。未经审批擅自改造可能构成违法建设，面临被责令拆除、罚款等法律后果。因此，在改造前，务必向当地规划、建设等部门咨询并办理相关手续。

2. 建筑安全标准角度：

   • 结构安全：改造过程中需确保房屋结构安全。6米层高的房屋改为两层，可能涉及对原有结构的加固或改动，这必须由专业机构进行设计和施工，以确保改造后的房屋符合建筑安全标准。
   • 消防安全：改造后的房屋还需满足消防安全要求。如设置合理的疏散通道、安装消防设施等，以确保在紧急情况下人员能够安全疏散。

3. 产权与相邻关系角度：

   • 产权变更：改造后，房屋的产权可能发生变化。例如，如果改造后形成了两个独立的居住空间，可能需要办理产权分割手续，明确各自的产权归属。
   • 相邻关系：改造过程中还需考虑对相邻房屋的影响。如改造后的房屋是否遮挡了相邻房屋的采光、通风等，这可能引发相邻关系纠纷。因此，在改造前，建议与相邻房屋的所有权人进行沟通协商，避免不必要的纠纷。

建议：

• 在改造前，务必向当地规划、建设等部门咨询相关政策和手续要求，确保改造合法合规。
• 委托专业机构进行设计和施工，确保改造后的房屋符合建筑安全标准和消防安全要求。
• 与相邻房屋的所有权人进行沟通协商，避免因改造引发相邻关系纠纷。

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