结论前置：一层商铺改成两层是否合法，主要取决于是否获得了相关部门的合法审批手续，并且是否符合建筑安全、消防等各项规定。若满足所有法定条件和程序，则改造行为合法；反之，则属于违法行为。

详细分析：

1. 合法审批与规划要求：

   • 审批手续的重要性：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，进行建筑物等工程建设的，建设单位或者个人应当向相关部门申请办理建设工程规划许可证。若业主在改造前未依法提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料并获得相应许可，则改造行为违法。
   • 规划要求的遵循：改造必须符合所在区域的城乡规划要求，包括建筑层数、高度、面积等具体规定。若改造行为违反了这些规划要求，即使取得了部分审批，也可能被视为违法。例如，若规划明确规定该区域商铺不得擅自增加层数，则改造行为将受到限制。

2. 建筑结构安全与施工规范：

   • 建筑结构安全的保障：改造过程中，特别是涉及建筑主体和承重结构的变动，必须委托原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，并确保改造后不会危及原有商铺的结构安全。未经专业设计和施工，擅自改变建筑主体结构或承重结构，可能导致建筑物出现安全隐患，此类行为违法且危险。
   • 施工规范的遵守：即使改造行为经过了审批，但在施工过程中未能严格按照审批要求进行，或改造后的建筑不符合相关安全标准和规定，也可能被视为违法行为。例如，若改造过程中使用了不合格的建筑材料或未按照规范进行施工，将可能影响建筑物的整体安全性。

3. 消防安全与环保要求：

   • 消防安全：商铺改造还需考虑消防安全要求，确保改造后的建筑符合消防法规，包括疏散通道、消防设施的配置等。若改造行为违反了消防安全规定，如堵塞疏散通道、未配置必要的消防设施等，将可能面临法律制裁。
   • 环保要求：改造过程应遵守环保法规，避免对环境造成污染或破坏。如产生噪音、粉尘污染或废弃物处理不当等，均可能触犯环保法律。例如，若改造过程中产生的噪音超过了规定的标准，将可能对周边居民的正常生活造成影响，并可能面临环保部门的处罚。

法律后果与建议：

• 违法后果：若未经许可擅自进行改造，将可能面临责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除等法律后果。若改造行为对周边环境和居民造成了不良影响，还可能面临更严重的法律责任。
• 建议：在进行商铺一层改两层的改造前，业主应充分了解相关法律法规和审批流程，咨询当地规划和建设部门获取具体指导。同时，应重视建筑安全和消防安全，确保改造活动合法合规，避免不必要的法律风险和安全隐患。

总结：一层商铺改成两层是否合法，需综合考虑多个因素。只有在全面遵守相关法律法规的前提下，才能确保改造行为的合法性与安全性。若您对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。