将一层商铺改为二层使用，并在二层中生产加工，这种装修行为是否合法，需要分情况讨论：

1. 规划与建设许可角度：

   • 根据《城乡规划法》的相关规定，任何单位或个人进行建筑物、构筑物等工程建设的，都应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。若原商铺的规划并未包含二层结构，且未经相关部门批准擅自加建二层，那么这种行为就违反了城乡规划法，属于违法建设。
   • 即便原商铺规划允许加建二层，也需确保加建部分符合建筑安全、消防安全等要求，并依法办理相关手续。若未办理或手续不全，同样可能构成违法。

2. 房屋使用性质与用途变更角度：

   • 商铺的使用性质通常为商业用途，而生产加工可能涉及工业用途或特定行业的经营许可。若将商铺改为生产加工场所，需确认该用途变更是否符合当地的城市规划和土地使用政策，以及是否需要办理相关的用途变更手续。
   • 此外，生产加工活动可能产生噪音、污染等，对周边环境和居民生活造成影响。因此，还需考虑是否满足环保、消防等相关部门的要求，并办理相应的审批手续。

3. 相邻权与公共利益角度：

   • 在进行装修或用途变更时，还需考虑对相邻权人的影响。如加建二层可能影响相邻商铺的采光、通风等权益，生产加工活动可能产生噪音、振动等影响相邻居民的正常生活。若未经相邻权人同意或未采取有效措施减少影响，可能引发相邻权纠纷。
   • 同时，还需确保装修和用途变更行为不损害公共利益，如不破坏城市景观、不占用公共空间等。

法律建议：

• 在进行此类装修和用途变更前，建议先咨询当地城乡规划、建设、环保、消防等相关部门，了解具体要求和审批流程。
• 确保装修和用途变更行为符合相关法律法规和政策要求，避免违法违规行为带来的法律风险和经济损失。
• 若涉及相邻权问题，建议与相邻权人进行充分沟通，协商解决方案，以维护良好的邻里关系。

可能后果：

• 若未经批准擅自加建二层或改变房屋用途，可能面临城乡规划部门的处罚，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等。
• 若因装修或用途变更行为引发相邻权纠纷或公共利益受损，可能面临民事赔偿或行政处罚等法律责任。

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