将商住公寓上下分割成二层楼是否合法，需分情况讨论：

1. 若分割行为涉及改变房屋结构或承重墙：

   • 不合法。根据《住宅室内装饰装修管理办法》第五条，住宅室内装饰装修活动，禁止未经原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，变动建筑主体和承重结构。若分割行为涉及拆除或改动承重墙、梁、柱等关键结构，将严重影响房屋的安全性和稳定性，因此是违法的。
   • 法律后果：可能面临责令改正、罚款等行政处罚，若造成严重后果，还可能承担刑事责任。同时，若因此导致房屋损坏或他人人身财产损失，还需承担民事赔偿责任。

2. 若分割行为不涉及改变房屋结构或承重墙，且符合规划、消防等要求：

   • 可能合法，但需具体审批。虽然不改变房屋结构，但若分割后改变了房屋的使用性质（如将原本的居住空间改为商业用途），或影响了房屋的通风、采光等居住条件，可能需经过相关部门的审批。特别是商住公寓，其使用性质可能受到更为严格的限制。
   • 审批流程：通常需向当地规划、消防等部门提交申请，提供分割方案、设计图纸等材料，经审核通过后方可进行分割。未经审批擅自分割的，可能面临责令恢复原状、罚款等处罚。

3. 若分割行为涉及共有部分：

   • 需业主大会同意。根据《中华人民共和国民法典》第二百七十四条，建筑区划内的其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。若分割行为涉及这些共有部分，如将公共走廊、楼梯间等分割为私人空间，需经过业主大会的同意，并按照相关法律规定和业主大会的决议进行处理。
   • 法律后果：未经业主大会同意擅自分割共有部分的，可能面临责令恢复原状、赔偿损失等民事责任。

建议：

• 在进行商住公寓分割前，务必先了解当地的相关法律法规和规划要求，确保分割行为合法合规。
• 若涉及改变房屋结构或承重墙，或改变房屋使用性质等关键问题，建议咨询专业设计师或结构工程师，确保分割方案的安全性和可行性。
• 若涉及共有部分的分割，需提前与业主大会沟通并取得同意，避免后续纠纷。

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